擴增子測序主要是針對有一定物種區(qū)分度的基因片段的PCR產物進行測序分析。針對不同的研究目的和需求,易基因提供三種擴增子測序產品:16S rDNA測序、18S rDNA測序、ITS測序。

16S rDNA測序:16S rDNA為原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA編碼序列,結構穩(wěn)定,具有9個高可變區(qū)(右圖，vl-v9)和10個保守區(qū)。高可變區(qū)具有良好的物種特異性,對若干高可變區(qū)進行測序可以在一定分類水平上解析細菌或者古菌的群落結構多樣性。

18S rDNA測序:18S rDNA為真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA編碼序列,同樣也具備高可變區(qū)(右圖,v1-v9,缺少v6區(qū))與保守區(qū),對18S rDNA的高可變區(qū)進行測序,可研究樣本中真核微生物的群落結構多樣性。

ITS測序: ITS序列主要用于研究真菌群落多樣性,檢測區(qū)域分為位干真核生物rDNA18S和5.8S之間的ITS1席列以及位干真核生物rDNA5.8S和28S之間的ITS2序列。

技術優(yōu)勢：

?  應用范圍廣：適用于宿主微生態(tài)系統(tǒng)及自然環(huán)境微生態(tài)系統(tǒng)研究；

?  分析周期短：擴增子測序數(shù)據(jù)量較少,分析周期較短；

?  低起始量：由于存在目標區(qū)域的PCR擴增過程,因此對樣本DNA總量需求較少；

?  低成本功能預測：針對宿主微生態(tài)系統(tǒng)及自然環(huán)境微生態(tài)系統(tǒng)采用不同的功能預測軟件進行群落功能預測分析。

實驗策略：

樣本準備→DNA提取及質檢→目標區(qū)域PCR擴增→PCR產物純化→文庫制備及質檢→上機測序

分析內容：

注：個性化分析、多組學關聯(lián)分析請聯(lián)系對接銷售或技術支持

送樣要求：

經典案例

坦桑尼亞哈扎人采集者腸道微生物的季節(jié)變化

Smits S A, Leach y, Sonnenburg E D, et al. Seasonal cycling in the gut microbiome of the Hadza hunter-gatherers ofTanzania.yl.Science,2017,357(6353):802-806

1、背景

坦桑尼亞的哈扎人是世界上僅存的部落,以采集方式生存繁衍。哈扎人的飲食結構比較單一,未受到現(xiàn)代工業(yè)文明的影響他們的飲食結構在旱季主要以植物塊莖為食,在雨季會更多的食用蜂蜜和漿果,季節(jié)性特征相當顯著。這種飲食結構導致他們的腸道微生物菌群易于對食物中的粗纖維進行消化。之前的研究也表明,哈扎人男性與女性由于分工不同,體內的腸道微生物菌群也有很大不同。腸道菌群幫助人類在數(shù)百萬年的進化過程中適應對不同種類食物的消化。本研究以哈扎人采集者腸道菌群為研究對象,其中一部分工作是利用16S rDNA測序進行菌群結構季節(jié)性周期變化規(guī)律的分析。

2、方法

該研究在不同季節(jié)收集了來自188個哈扎人的350個糞便樣本及飲食數(shù)據(jù)利用16SrDNA測序技術進行菌群分析。

3、結論

作者對哈扎人腸道微生物菌群進行分析,發(fā)現(xiàn)哈扎人腸道微生物菌群具有周期性和季節(jié)不同性。其中,在旱季和雨季的間隙,哈扎人腸道中70%的擬桿菌會消失,但在這段時間之后,這些擬桿菌會重新出現(xiàn)。在哈扎人的腸道中,Prevotellaceae,Spirochaetes,Succinivibrionaceae,Lachnospiraceae四個科的細菌受季節(jié)改變顯著。同時,將哈扎人腸道微生物菌群與來自于16個國家18個人群的微生物菌群進行比較發(fā)現(xiàn)工業(yè)化地區(qū)擬桿菌在菌群中占比21%,顯著高于傳統(tǒng)食物地區(qū)擬桿菌在菌群中占比0.8%。

參考文獻：

①     DOI:10.1126/science.aan4834