色譜柱在使用前，進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同；另外，在做柱性能測試時是按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是*條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。
色譜柱的平衡方法：
（1）首先用0.2ml/min的流速將色譜柱平衡過夜，然后將流速升高到1.0ml/min沖洗30分鐘，以便將色譜柱的填料充分平衡至*狀態，這樣可以保證色譜柱的使用壽命，并且保證在以后的使用中，獲得分析結果的重現性。
（2）平衡過程中，將流速緩慢地提高。
（3）用流動相平衡色譜柱直到獲得穩定的基線(緩沖鹽或離子對試劑度如果較低，則需要較長的時間來平衡)。
流動相的配制： 液相色譜是樣品組分在柱填料與流動相之間質量交換而達到分離的目的，因此要求流動相具備以下的特點：
（1）流動相對樣品具有一定的溶解能力，保證樣品組分不會沉淀在柱中(或長時間保留在柱中)。
（2）流動相具有一定惰性，與樣品不產生化學反應(特殊情況除外)。
（3）流動相的黏度要盡量小，以便在使用較長的分析柱時能得到好的分離效果；同時降低柱壓降，延長液體泵的使用壽命(可運用提高溫度的方法降低流動相的黏度)。
（4 ）流動相的物化性質要與使用的檢測器相適應。 如使用UV檢測器，使用對紫外吸收較低的溶劑配制。
（5）流動相沸點不要太低，否則容易產生氣泡，導致實驗無法進行。
（6）在流動相配制好后，一定要進行脫氣。除去溶解在流動相中的微量氣體既有利于檢測，還可以防止流動相中的微量氧與樣品發生作用。
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