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PCR儀是一種在實驗室使用頻率非常高的儀器，因此故障率也是比較高的。PCR儀的故障主要有以下幾類：
1、制冷半導體故障
2、溫度傳感器故障
3、控制板故障
4、電源板故障
5、熱蓋故障
6、軟件故障
7、其他故障
下面針對這些故障的維修對儀器性能的影響做簡單介紹
1、制冷半導體故障
由于制冷半導體是半手工生產的，每一片制冷半導體的性能都不一樣。用于PCR儀生產的制冷半導體都是需要配對的。一般大的生產商會通過較大量的制冷半導體的性能測試后選擇性能非常接近的組成一組。
也就是說制冷半導體故障后應該一組全部更換。但大多數維修都是只更換其中一片，這樣會造成溫度的不均一或是溫度升降溫的不均一。
三片制冷半導體的更換還涉及到整個控溫模塊的組裝，這是一個技術活。要保證儀器的溫度性能，組裝的工藝要求是很高的，有些還需要特殊的工具或夾具。組裝不好會影響溫度均一性、升降溫速率甚至儀器的使用壽命（內部可能會過溫、進水等）。這也是為什么PCR儀的生產商都要求返廠維修的原因。
2、溫度傳感器故障
溫度傳感器一般通過導熱硅脂或導熱固化膠與模塊實現高導熱。更換至少需要注意以下幾點：同一品牌同一類型的溫度傳感器；與原廠同樣的導熱材料（硅脂或固化膠）以保證傳熱效率相同；與廠家同樣或類似的測溫與校準方式。同時更換溫度傳感器時，大多儀器都要拆開整個控溫模塊，因此由生產商來完成組裝為。
3、控制板故障
控制板維修主要是要注意用與原廠相同的類型的元器件。如果維修涉及到與溫度傳感器相關的電路，需要進行溫度校準。
4、電源板故障
電源板維修也是主要要注意用與原廠相同的類型的元器件。維修不好與儀器溫度性能關系不大，但與儀器的使用壽命有關。
5、熱蓋故障
熱蓋故障一般為加熱器件故障或傳感器故障。加熱器件選擇原廠的，但裝配是有一定技術的，裝配不好會影響熱蓋的均一性和壽命，溫度傳感器用與原廠相同的類型的元器件即可。但溫度保險的安裝方式一定要注意，有些廠家用的是圓筒型的保險，與熱蓋的貼附不太可靠，很可能在熱蓋傳感器故障時起不到應有保險功能而引發熱蓋超過溫或起火。
6、軟件故障
軟件故障一般都是通過更新軟件即可消除。一般不會影響儀器性能。
7、其他故障
這些故障與儀器性能的關系就不好講了。