化工儀器網
技術文章
Random priming
閱讀：1016 發布時間：2010-12-18DNA聚合酶要進行DNA聚合反應時一定要有引子 （primer），因為它只能以引子所提供的3’-OH為起始點進行延伸 （extension） 的工作，而不能就地重新合成新的DNA （de novo synthesis）。 一般實驗常以人工合成的寡核苷酸為引子進行DNA聚合反應，這時固然可以根據已知序列設計核酸引子，但也可以采用逢機引子（random primers）。 所謂逢機引子即其序列為逢機序列，不經特別設計，目前應用zui廣者是以自動化機器所合成的、六到八個核苷酸長的寡核苷酸混合物；反應進行中若有任何一條逢機引子結合到模版DNA，即可引導DNA聚合反應的進行。 以random priming方法進行核酸標定，是以逢機引子引導Klenow fragment（large fragment of E. coli DNA polymerase I） 進行DNA聚合反應，并在反應過程中添加 [α-32P]dNTP或DIG-11-dUTP等標定物質。 而為了避免random priming也發生于載體部份的DNA，不要直接以質體DNA為模版進行標定反應，而應預先將目標DNA自載體切除出來。
儀器用具：微量離心機；沸水浴及冰浴
藥品試劑：
模版DNA （pBlueGus 的BamHI-HindIII DNA 片段，將由助教提供）
0.2 M EDTA, pH 8.0
4 M LiCl
Random priming kit （Roche）：
Hexanucleotide mix （random primer）
dNTP mixture （1 mM dATP, 1 mM dCTP, 1 mM dGTP, 0.65 mM dTTP, 0.35
mM DIG-11-dUTP, pH 7.5）
Klenow enzyme （2 U/μL）
酒精
70%酒精
TE （10 mM Tris-Cl, pH 8.0; 1 mM EDTA）
方法步驟：
◆ 以下反應條件與步驟主要參照random priming kit 制造廠商所提供的產品說明書。
1） 取100 ng 模版DNA，加入適量去離子水，把體積補足為15 μL。
2） 于沸水中加熱10 min。
◆ 請記得以夾子固定微量離心管的管蓋部份，以免離心管在加熱過程中蓋子爆開、進水！
3） 加熱后，迅速把微量離心管移至冰浴中，靜置數分鐘。
4） 離心數秒后，依序加入下列三種試劑：
2 μL hexanucleotide mix
2 μL dNTP mixture
1 μL Klenow enzyme
5） 以指頭輕彈離心管，以便混合均勻。
6） 短暫離心后，置于37℃恒溫水槽中作用2 h。
◆ 反應時間至少須要1 h，zui長可反應過夜。
7） 作用完畢的后，加入2 μL 的0.2 M EDTA，以便終止DNA 聚合反應。
8） 加入2.5 μL 4 M LiCl及75 μL純酒精，混合均勻，置 -20℃過夜。
隔天：
1） 于13,000 rpm，4℃離心15 min。
2） 倒出上清液，加入50 μL 的70%酒精，再離心5 min。
3） 倒出上清液并風干DNA。
4） zui后以50 μL TE 溶解DNA。