化工儀器網
技術文章
韓國人基因組研究成果
閱讀：508 發布時間：2011-7-19生物通報道，韓國首爾大學領導的研究小組近日在《Nature Genetics》雜志上發表了一篇文章，介紹了他們對韓國人基因組、外顯子組和轉錄組的研究成果。
研究人員測序了10個全基因組、8個外顯子組和17個轉錄組，鑒定出數百萬個SNP，其中很多都未曾報道過。研究還發現了大量的小插入缺失，數千個新轉錄本，以及1800多個“奇怪”的位點，在這些位點，同一個人的DNA和RNA序列無法相互對應。
文章的通訊作者，首爾大學的Jeong-Sun Seo談到：“我們的結果表明，在人類基因組中，仍有相當一部分的基因組變異有待鑒定。”同時，他認為，基因組和轉錄組測序的綜合分析對于了解人類基因組變異的多樣性和功能很有用。
盡管研究人員發現了如此多的SNP和結構變異，但他們認為，還需要更多的工作，才能找到與人類性狀和疾病相關的遺傳變異。于是，他們將同一個個體的基因組和轉錄組信息關聯起來，試圖用這種策略來更詳細地查看遺傳變異及它們的后果。
研究人員使用Illumina GAIIx和Life Technologies SOLiD平臺對韓國的5名男性和5名女性的基因組進行了測序，平均覆蓋度約為26倍。對于另外6名韓國男性和2名女性，他們利用安捷倫的SureSelect Human All Exon Kit捕獲了外顯子組，并以近64倍的深度進行了測序。
在隨后的分析中，他們在外顯子組序列中檢測到35,740個SNP，在基因組中檢測到837萬個SNP，其中有183萬個SNP過去從未報道過。在新的SNP中，大約四分之三似乎是非常稀有的，在這次測序的10個基因組中只有一個出現，而其他的似乎在韓國人中較為常見。總的來說，每個基因組包含了345-373萬個SNP，平均包括8,431個非同義SNP。
這10個韓國人基因組還包含了近120萬個小插入缺失，以及近5,500個大的缺失，而8個外顯子組中出現了15,697個插入缺失。全基因組序列中幾乎三分之一的插入缺失不在dbSNP數據庫中。
研究人員還利用Illumina末端配對測序對來自17個個體的淋巴母細胞系中的mRNA進行了測序，發現了4,414個過去未曾注釋的轉錄本，但出現在至少兩個新測序的轉錄組中。
有趣的是，將基因組和轉錄組的數據整合，研究小組還發現了一些“奇怪”的位點。在這些位點上，轉錄本中的RNA序列與編碼這些轉錄本的DNA序列無法對應。他們稱之為“轉錄堿基修飾”（transcriptional base modifications，簡稱TBM）。在1809個TBM中，有188個位于蛋白編碼基因中，而其余的位于非翻譯區，暗示這些TBM可能與疾病相關。
作者認為，TBM可能影響了復雜疾病的易感性，因為它們可能改變了mRNA穩定性以及蛋白的氨基酸序列。可能需要對更多患病個體的多個組織進行深度的基因組和轉錄組測序，才能評估TBM的分布以及功能影響。（生物通 薄荷）