生物通報道：2005年美國國立癌癥研究協會（the National Cancer Institute, NCI）和國家人類基因組計劃研究協會（the National Human Genome Research Institute, NHGRI）各投入資金5千萬美元，準備進行一項為時多年的癌癥基因組試驗性質的計劃，主要目的是分析全面測序癌癥基因序列改變是否對了解癌癥和獲得新的診斷治療方法有一定的幫助。
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當時就有人對此表示了懷疑，認為這項計劃過于天真了，因為這一癌癥基因組測序信噪比需要6到7維尺寸，很難操作。但是經過多年的研究，這項癌癥和腫瘤基因圖譜（TCGA）計劃已經獲得了越來越多的成果，也對癌癥研究產生了許多正面的影響。在出版的Nature雜志上，TCGA計劃研究組成員又報告了卵巢癌的研究成果：漿液性卵巢囊腺癌（serous ovarian adenocarcinoma）中的mRNA和miRNA序列分析，啟動子甲基化，DNA拷貝數，以及316個樣品中編碼基因外顯子組的序列分析等。
這是癌癥基因組研究的又一重要成果，卵巢癌是女性生殖器官常見的腫瘤之一，發病率僅次于子宮頸癌和子宮體癌而列居第三位。但卵巢癌致死者，卻占各類婦科腫瘤的*，對女性生命造成嚴重威脅。據統計，每年新增大約20萬卵巢癌患者，并有11.5萬患者死亡。漿液性囊腺瘤占卵巢良性腫瘤的25%，也是卵巢惡性腫瘤中zui常見者，約占40—50%，對于這種疾病的深入研究有助于預防與治療漿液性囊腺瘤。
在這篇文章中，研究人員分析了489個高度病變漿液性卵巢囊腺癌樣品中mRNA和miRNA的表達，啟動子甲基化，DNA拷貝數，以及316個樣品中編碼基因外顯子組的序列，這些研究結果有助于確定新的腫瘤亞型。
研究人員還發現雖然p53腫瘤抑制因子在幾乎所有腫瘤中都發生了突變，但包括NF1、BRCA1、BRCA2、 RB1和 CDK12在內的9個位點也攜帶復發性的、盡管流行度較低的突變。同源重組在約一半的這些腫瘤中是有缺陷的，Notch和FOXM1信號作用也牽涉到了病理生理過程中。這些研究成果將有助于卵巢癌的基礎病理，以及臨床預防和治療。
除此之外，近期來自美國的研究人員也獲得了卵巢癌的研究成果：卵巢癌可能始自輸卵管，而非卵巢。
研究人員通過在實驗室模擬卵巢癌形成過程，提取一些輸卵管細胞并改變它們的基因片段，使其能夠像癌細胞那樣分裂。實驗顯示，和真正的癌細胞一樣，這些癌細胞可以迅速增殖，并離開原發組織，在其他組織內生長。如果把這些癌細胞植入動物體內，它們能夠催生在結構、行為和基因構成上與人類嚴重卵巢癌極其類似的腫瘤。
輸卵管是從女性卵巢連通至陰道的管道，包括中輸卵管和側輸卵管，卵子經此管道排出。這一研究表明卵巢癌可能來自輸卵管細胞，它將有助于尋找新的卵巢癌生物標記物，為今后的卵巢癌治療提供了新的思路。
附：
癌癥和腫瘤基因圖譜（TCGA）計劃簡介
據統計，每年新增癌癥患者達700萬人，死于癌癥的病人達500萬人，60％的患者確診后只能存活5年。目前已知的癌癥有200多種，但是，無論什么癌癥，在腫瘤的特殊類別（分型）或發展的不同分期方面都發現有基因組的特異變化，而正是基因組的改變（突變）導致了細胞分化、發育和生長通路的不正常，從而引發細胞不正常地失控增殖、生長。
美國政府發起的癌癥和腫瘤基因圖譜（Cancer Genome Atlas，TCGA）計劃，試圖通過應用基因組分析技術，特別是采用大規模的基因組測序，將人類全部癌癥（近期目標為50種包括亞型在內的腫瘤）的基因組變異圖譜繪制出來，并進行系統分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小變異，了解癌細胞發生、發展的機制，在此基礎上取得新的診斷和治療方法，zui后可以勾畫出整個新型“預防癌癥的策略”。 2005年12月13日，這一項目由美國國家癌癥和腫瘤研究所（NCI）和國家人類基因組研究所（NHGRI）聯合進行，預計耗資1億美元。
和人類基因組計劃（HGP）相似，TCGA是另一項以基因組為基礎的大科學研究計劃，它以人類基因組計劃的成果為基礎，研究癌癥中基因組的變化。與HGP專注于疾病的遺傳因素（與生俱來）不同，TCGA更關心人類出生后細胞中的基因變化（后天變異）。大部分癌癥在威脅到健康之前都會產生幾種體細胞突變（somatic mutations），而這些所謂的體細胞或獲得性突變是不可遺傳的。TCGA是迄今為止世界上所進行的zui大一項基因工程，差不多能抵上100多個HGP，在3年探索初期就要繪制出比HGP更多的基因圖譜。繪制癌癥基因圖譜有助于把研究人員從目前逐個追蹤基因的大量勞動中解放出來，便于迅速設計和找到針對性抗癌藥物。
原文摘要：
Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma
A catalogue of molecular aberrations that cause ovarian cancer is critical for developing and deploying therapies that will improve patients’ lives. The Cancer Genome Atlas project has analysed messenger RNA expression, microRNA expression, promoter methylation and DNA copy number in 489 high-grade serous ovarian adenocarcinomas and the DNA sequences of exons from coding genes in 316 of these tumours. Here we report that high-grade serous ovarian cancer is characterized by TP53 mutations in almost all tumours （96%）; low prevalence but statistically recurrent somatic mutations in nine further genes including NF1, BRCA1, BRCA2, RB1 and CDK12; 113 significant focal DNA copy number aberrations; and promoter methylation events involving 168 genes. Analyses delineated four ovarian cancer transcriptional subtypes, three microRNA subtypes, four promoter methylation subtypes and a transcriptional signature associated with survival duration, and shed new light on the impact that tumours with BRCA1/2 （BRCA1 or BRCA2） and CCNE1 aberrations have on survival. Pathway analyses suggested that homologous recombination is defective in about half of the tumours analysed, and that NOTCH and FOXM1 signalling are involved in serous ovarian cancer pathophysiology.
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