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作為環境監測中的重要檢測儀器，離子色譜法是水質、大氣、土壤監測的重要檢驗方法，具有穩定性好、重現性好、精密度好等特點，尤其在水質監測有著廣泛的應用。

對于降水的監測是環境監測中的一個重要工作，離子色譜在降水常規監測中發揮重要作用。在進行降水監測離子的測定時，使用離子色譜儀進行可以有效的減少檢驗時間，增加檢驗準確性。

對于環境水質的分析也是環境監測的重要工作之一，采用離子色譜儀一般可以在20分～30分鐘之內分析測試出常規項目：氟化物、氯化物、亞硝酸鹽氮硝酸鹽氮、硫酸鹽等。通過標準溶液的配制選擇適合的濃度，配成多個項目的混合使用液，繪制標準曲線，通過標準曲線對環境水質樣品進行定量分析，其精密度、準確度均達到環境監測實驗室質量控制指標的要求。

傳統城市污水監測，針對不同的監測指標有不同的方法，以硫酸鹽為例，硫酸鹽的測定其傳統推薦方法為GB/T11899-1989重量法，該方法準確度高但操作繁瑣且耗時較長。而離子色譜法作為一種新的分析技術廣泛應用于水中常見陰離子和堿金屬、堿土金屬陽離子分析，較傳統方法省時省力、操作簡便。而且利用城市污水離子色譜前處理柱系統可有效去除污水中的有機質及少量的重金屬離子，減少了對色譜柱柱效的影響，該方法能*對城市污水監測的要求。在進行城市污水監測及工業廢水監測過程中要格外注意對有機質的去除，以保障檢測結果的準確。

在進行污染源水樣監測時，離子色譜由于其分離柱的特性導致在進行樣品分析前必須對樣品進行處理，以保護分離柱不被損壞。在進行土樣等固體監測樣品時，需經過超聲波、溶液浸泡等提取離子于溶液中，再進行處理后進行分析。