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核酸染料目前已經有很多種類型，我們在做實驗進行選擇的時候，有哪些因素制約著我們呢，我們應該用哪些指標去評價它們，最終找到適合的染料呢？下面從安全性、靈敏度、穩定性、對染色效果的影響（比如染色方法、遷移率等）以及價格等方面來對染料進行評價。
1、安全性
如果選擇EB替代染料，那么染料的安全性就是一個非常重要的指標。安全性評估主要的檢測有Ames測試、細胞滲透性實驗、染色體畸變和正向突變分析、口服毒性分析等。在安全性方面，具有較多檢測項目和機構出具檢測報告的染料，安全性可能會更高；另外在一些報道或對比數據中，我們也可根據它們可能的原料來判斷它們的安全性。
2、靈敏度
幾乎所有的EB替代染料都宣稱其染料的靈敏度至少不低于EB，甚至高于EB，具體到試驗內容上，只要不是有特殊的需求一般都能滿足。
3、穩定性
核酸染料的穩定性和在各種條件下的染色效果，會直接影響觀察到的染色結果。
4、遷移率
在介紹遷移率之前，先了解下常用的染料電泳中應用的3種方式。
（1）點染法：是指將染料、樣品和上樣緩沖液混在一起，直接在膠上點樣；
（2）膠染法：是指在將融膠倒入膠板前，把染料加入融化的瓊脂糖凝膠溶液中混勻，然后再倒入膠板，這種方法也是常用的方法；
（3）泡染法：是指在電泳時不加入任何染料，在電泳完成后，將膠置入含有一定濃度染料的染液中進行染色。
由于所有的核酸染料最終都會結合到DNA上，才能通過染料從而對DNA進行分析，這也就意味著如果采用點染法或膠染法進行核酸檢測時，根據使用的染料不同，染料或多或少會對核酸的遷移率甚至帶型產生影響。一般來說，染料分子越大，安全性會越高；但同時，用膠染法對電泳的遷移率或帶型影響就越明顯，雖然可以通過減少核酸上樣量等方式來進行改善，但仍達不到泡染法的效果。這也是為什么大多數染料（低毒/無毒）廠商建議，采用泡染法來得到準確、漂亮的核酸帶型。
當然，對帶型、遷移率等的影響除了核酸染料外，還有其它的影響因素，比如瓊脂糖的質量，電泳緩沖液的緩沖能力等都有可能對帶型和遷移率產生影響。
