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噬菌體DNA/RNA結(jié)合性篩選的標(biāo)準(zhǔn)程序

2012-12-15  閱讀(1763)

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1.合成需要的靶標(biāo)DNA或RNA寡核苷酸,其中一組是5’端連接生物素的寡核苷酸鏈。為dsDNA位點(diǎn)合成一條不聯(lián)結(jié)生物素的互補(bǔ)副鏈。
2.①對于DNA位點(diǎn)的篩選,將每條寡核苷酸鏈各取10u1,與20/A1的2X核酸退火緩沖液混勻,讓兩條互補(bǔ)的寡核苷酸退火。在PCR儀中以94℃加熱樣品3分鐘,然后以每分鐘2℃的速度冷卻至4℃。冷卻后,用水將溶液稀釋至1pmol/L的終濃度,于-20℃保存。②對于RNA位點(diǎn)篩選,用RNA折疊緩沖液(1XCM)配制1pm01/L的寡核苷酸溶液。將溶液加熱至95℃,然后緩慢冷卻至室溫,以使RNA折疊。對于有些位點(diǎn),“突然”冷卻至4℃可能折疊效果更好。將RNA溶液保存在4℃(雖然有些位點(diǎn)能成功地冰凍—解凍)。
3.將生物素聯(lián)結(jié)的靶標(biāo)位點(diǎn)(通常是1pmol)加入50,ulPBS緩沖液,加入到鏈親和素包被的小管內(nèi)。將小管于20℃放置15分鐘。    。
4.將1m1含4%(w/v)脫脂牛奶的PBS緩沖液加入小管,以封閉非特異性結(jié)合位點(diǎn)。將小管于20℃放置1小時。
5,將噬菌體上清液以1:10稀釋于1ml含有2%(w/v)脫脂牛奶、1%(體積分?jǐn)?shù))Tween-20及20ug /ml超聲破碎鮭魚精DNA的PBS緩沖液中。為了提高篩選的特異性,加入與靶標(biāo)同源的寡核苷酸競爭劑。加入與生物素聯(lián)結(jié)的靶標(biāo)相比過量達(dá)100倍的競爭劑。
6,棄去核酸包被的小管中的封閉緩沖液,加入1ml稀釋過的噬菌體上清液。小管于20℃放置1小時。
7.將結(jié)合混合物棄去,用含2%(w/v)脫脂牛奶和l%(體積分?jǐn)?shù))Tween—20的PBS緩沖液洗滌20次,再用PBS緩沖液單獨(dú)洗滌一次。
8,加入100/A1 0.1m01/L的三乙醇胺并放置15秒,以洗脫保留的噬菌體。將溶液轉(zhuǎn)入一個新的小管中,并立即用等體積的1mol/LTris—HCl(pH 7.4)進(jìn)行中和。
9.將過夜培養(yǎng)的菌液以1:100接種于2×TY培養(yǎng)基中,37℃培養(yǎng)約2小時以制備處于對數(shù)生長期的大腸桿菌TGl菌液。菌種必須源于M9zui小化瓊脂培養(yǎng)基平板上生長的克隆,這樣才能保證F,纖毛的表達(dá),因為這是噬菌體感染所必需的。
10.用50ul洗脫的噬菌體感染0.3m1處于對數(shù)生長期的大腸桿菌TGl菌液,混勻后37℃靜置培養(yǎng)1小時。
11.將感染過的菌液轉(zhuǎn)入2~5ml含有15/Ig/m1的四環(huán)素的2XTY培養(yǎng)基中。  以250r/min的速度振蕩菌液,30℃培養(yǎng)16小時,為隨后幾輪的篩選制備噬菌體。
12.重復(fù)從步驟2或3到步驟12的篩選程序3~5輪。在zui后一輪篩選后,將感染的細(xì)菌  涂布在含15ug/m1的四環(huán)素的TYE瓊脂培養(yǎng)基平板上。這時篩選出的克隆已準(zhǔn)備好,可用于通過序列測定和ELISA進(jìn)行的進(jìn)一步的鑒定。

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