毛細管柱的分離能力主要包括塔板數、總分離效能、分離數和涂漬效率。塔板數大家都不陌生，是評價柱效的主要指標，有有效塔板數和理論塔板數之分。總分離效能是指色譜柱在一定條件下對混合物的分離能力。一般以分離度來判斷。分離數是指在相鄰同系物峰之間可插入的組分峰的數目，也是指色譜柱的分離能力，是總分離效能的部分體現。
毛細管柱的安裝
當選擇好合適的毛細管柱之后，就應該進行正確地安裝工作。先將毛細管柱的兩端截取一段（如果是已經使用過的柱子，安裝之前一定要分清楚哪個是與進樣口相連，哪個是與檢測器相連），然后安裝，注意螺帽不用擰的太緊。
安裝柱子應該在進樣口部件都安裝好之后。當柱子的一段與進樣口接好后，應該通載氣，將接檢測器的一端放置在丙酮溶液中，觀察是否有氣泡，用以判斷毛細管柱是否被堵。
毛細管柱的維護
毛細管柱在平時不使用的時候，因該妥善保管，柱子的兩端都應該封好（可用廢舊的進樣墊），主要是防止固定液被氧化和雜物進入。放置時也應該留意柱子的那一端是連接檢測器，哪一端是連接進樣口。
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