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一些組織內含有骨質或鈣化灶時，含鈣的組織不宜直接用石蠟包埋切片，這是因為鈣和石蠟之間的密度不同，較難切除完整的切片。對含鈣組織固定之后，再進行脫鈣或二者同時進行，然后進行下游的實驗，如脫水、透明、浸蠟、包埋、切片，用于脫鈣的試劑很多，脫鈣劑包括有機酸、無機酸、乙二胺四乙酸(EDTA)以及電解法脫鈣。
在脫鈣的過程中，應每隔一段時間檢測一次脫鈣程度，避免脫鈣過度，脫鈣過度會增加組織的損傷程度，進而影響染色結果。Leagene脫鈣終點檢測試劑盒(化學法)由氨水、草酸銨等組成，當加入草酸銨后無沉淀產生，說明已達脫鈣終點。該試劑僅用于科研領域，不適用于臨床診斷或其他用途。
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