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根據DNA擴增的目的和檢測的標準可以將PCR儀分為普通PCR儀，梯度PCR儀，原位PCR，實時熒光定量PCR儀等幾類。

 

1、普通PCR儀

一般把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，稱之為普通PCR儀。如果要用它做不同的退火溫度則需要多次運行。主要是用作簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。

 

2、梯度PCR儀

一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件（通常12種溫度梯度）的稱之為梯度PCR儀。因為被擴增的不同的DNA片段其適合的退火溫度不同，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增就可以篩選出表達量高的適合退火溫度進行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣既節約時間，也節約經費。在不設置梯度的情況下亦可當做普通的PCR用。

 

3、原位PCR儀

是用于從細胞內靶DNA的定位分析的細胞內基因擴增儀。如病原基因在細胞的位置或目的基因在細胞內的作用位置等。可保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置進行基因擴增。不但可以檢測到靶DNA，還能標出靶序列在細胞內的位置。于分子和細胞水平上研究疾病的發病機理和臨床過程及病理的轉變有著重大的實用價值。

 

4、實時熒光定量PCR儀

在普通PCR儀基礎上增加一個熒光信號采集系統和計算機分析處理系統，就成了熒光定量PCR。其PCR擴增原理和普通PCR擴增原理相同，只是在PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統，得出量化的實時結果輸出。