一、無菌室
無菌室是實驗室的核心部分，主要為樣品提供保護，保證實驗結果的準確和人員的安全。
二、超凈工作臺
微生物的培養都是在特定培養基中進行無菌培養，那么無菌培養必然需要超凈工作臺提供一個無菌的工作環境。超凈工作臺的主要用途是微生物的接種及處理時的無菌操作。
三、高壓蒸汽滅菌鍋
高壓蒸汽滅菌鍋是一個密閉的、可以耐受一定壓力的雙層金屬鍋。一般在進行無菌操作前需要將操作器皿、培養基等在高壓滅菌鍋里進行滅才能使用。
四、培養箱
培養箱主要用于實驗室微生物的培養，為微生物的生長提供一個適宜的環境。培養箱有以下幾種：
1、普通培養箱
2、生化培養箱
3、恒溫恒濕箱
4、厭氧培養箱
五、天平
天平是用于精確稱量各類試劑及藥品的設備。實驗室常用的是電子天平。
六、微波爐/電爐
其主要作用是用于溶液的快速加熱，微生物固體培養基的加熱溶化等。
七、搖床
搖床又稱搖瓶機，它是培養好氣性微生物的小型試驗設備或作為種子擴大培養之用。
八、冰箱
冰箱是實驗室中保存試劑和樣品的儀器。微生物學實驗中用到的試劑有些要求是4度保存，有些要求是負20度保存，實驗人員一定要看清試劑的保存條件，放置在恰當的溫度下保存。
九、顯微鏡
微生物個體微小，必須借助顯微鏡才能觀察清楚它們的個體形態和細胞結構。因此，在微生物學的各項研究中，顯微鏡就成為的工具。
十、生物安全柜
微生物實驗中所涉及到的部分試劑和樣品微生物有些是有毒的，對于操作人員來說傷害比較大。為了防止有害德懸浮微粒、氣溶膠的擴散，可以利用生物安全柜對操作人員、樣品及樣品間交叉感染和環境提供安全的保護作用。
十一、菌落計數器
菌落計數儀可幫助操作者計數菌落數量。通過放大，拍照，計數等方式來準確的獲取菌落的數量。有些高性能的菌落計數器還可直接連接電腦來完成自動計數的操作，方便快捷的計數。
十二、分光光度計
分光光度計在微生物試驗中用于測定微生物懸液的濃度，可以正確選取合適的培養時間。
十三、離心機
離心機是用于收集微生物菌體以及其他沉淀物。有冷凍離心機和常溫離心機之分。
十四、液氮罐
液氮罐里裝有液氮，可用于微生物實驗室中各菌種的長期保存。
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