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原生動物活體染色；酸堿指示劑，pH變色范圍4.4(紅)～6.2(黃)；滴定氨、弱有機堿和生物堿，但不適用于除草酸和以外的有機酸；可與溴甲酚綠和亞甲基藍組成混合指示劑以縮短變色域和提高變色的敏銳性；沉淀滴定的吸附指示劑，如用硝酸釷滴定氟離子；檢定游離氯、亞氯酸鹽等氧化劑；
甲基紅是常用的酸堿指示劑之一，常濃度為0.1%乙醇溶液，pH4.4（紅）-6.2（黃）。也用于原生動物活體染色。