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正確儲藏預裝色譜柱是保證其使用過程順利和使用壽命延長的前提。正相色譜柱應該在填充正庚烷/異丙醇或者另一種不含其它調節組分的惰性溶劑后儲藏。
反相固定相則應該儲藏在不含任何期間可能沉淀析出的緩沖液、或其它調節組分的水/有機相混合溶劑內。因此，建議在色譜過程擬終止前的15分鐘前切換到水/有機相50/50的混合溶劑作為工作移動相，無論事后色譜柱是否需要從液相色譜系統中拆下。如果色譜過程只是中斷幾個小時，比較省力的辦法還是讓含有緩沖成分的移動相在色譜柱中保持在一個非常低速的流動狀態。一旦色譜柱同色譜系統分離，用扭力扳手將色譜柱進口和出口*封閉，以防止固定相失水干化。
所有液相色譜預裝柱都必須在常溫環境（18-26℃）下儲藏，避免受到機械力撞擊，就收納在原來的包裝盒內。
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