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單細胞全基因組擴增WGA技術PicoPLEX與MALBAC比較
閱讀：7018發布時間：2018-3-30
關鍵詞：單細胞全基因組擴增技術WGA，PicoPLEX 特殊隨機引物起始的熱循環擴增，MALBAC Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles （多次退火環狀循環擴增技術）
PicoPLEX與MALBAC的區別
申請情況
Rubicon : US8206913 Filed Date : Mar 3, 2010
MALBAC : WO2012/166425 International filing date : 22 May, 2012
主要區別
（1）MALBAC的細胞裂解時間更長。
MALBAC：30 min
PicoPLEX：15 min
（2）引物設計不同，PicoPLEX的結果更準確、重復性更高，更適合用于染色體異倍性分析和拷貝數變異分析。
MALBAC和PicoPLEX技術介紹
MALBAC 多次退火環狀循環擴增技術
PicoPLEX 特殊隨機引物起始的熱循環擴增+PCR
MALBAC：Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles （多次退火環狀循環擴增技術）是一種擬線性全基因組擴增方法。與傳統的非線性或指數型DNA擴增方法不同（在每個循環中，復制的DNA可以作為后續循環的模板），MALBAC利用特殊的引物使擴增子具有互補末端并因此循環，防止DNA被指數復制。這導致僅擴增原始基因組DNA，并因此降低擴增偏倚。
PicoPLEX單細胞全基因組擴增WGA技術是一種特殊隨機引物起始的熱循環擴增+PCR的全基因組擴增方法。PicoPLEX相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎的單細胞全基因組擴增技術，操作簡單快速。PicoPLEX全基因組擴增技術具有高穩定性和可再現性，已經成為PGS的標準擴增技術。這一技術也適用任何單細胞樣品和皮克級純化DNA的基因特征分析。
PicoPLEX 技術流程：
包括文庫構建和文庫擴增兩個步驟。文庫構建（預擴增）階段，設計的特殊引物能消除引物之間的雜交，從而提高引物和模板的配對效率。利用特殊隨機引物（Quasi-random primer）引發線性擴增進行全基因組擴增。特別設計的隨機引物（參見US patent 8,206,913）能減少引物二聚體的形成，從而提高引物和模板的配對效率。
分兩次擴增。*次擴增，特殊隨機引物與基因組DNA結合，形成莖環形結構文庫，第二次擴增，只有莖環形結構的文庫被擴增。
PicoPLEX產品引用文獻
PicoPLEX WGA kit采用PicoPLEX技術，設計、優化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。
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2. Lledo et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine
3.Vasculogenic mimicry in small cell lung cancer
4.Williamson et al. 2016 Nature Communications
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6. Bolton et al. 2015 Nature Communications
7.Validation of copy number variation sequencing for detecting chromosome imbalances in human preimplantation embryos
8.Wang et al. Biol Reprod. 2014 Jun 25. pii: biolreprod.114.120576. DOI:10.1095/biolreprod.114.120576.
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2.Vendrell et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine, DOI: 10.1080/19396368.2017.1312633
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5.A linkage map for the Newt Notophthalmus viridescens: Insights in vertebrate genome and chromosome evolution
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