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癌癥臨床檢驗高通量基因測序解決方案
閱讀：3259發(fā)布時間：2018-4-20
TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）
Illumina公司的泛癌panel通過高度多重靶向重測序方法，使用212個擴(kuò)增子靶向48個基因檢測癌癥基因組數(shù)百個突變熱點中的體細(xì)胞突變。適合臨床快速地發(fā)現(xiàn)、驗證和篩選癌癥相關(guān)遺傳變異。
TSACP臨床應(yīng)用可行性驗證文獻(xiàn)
文章驗證了TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）應(yīng)用臨床實驗室的可行性
Validation of a Next-Generation–Sequencing Cancer Panel for Use in the Clinical Laboratory
Birgitte B. Simen, et al. doi: 10.5858/arpa.2013-0710-OA
文章背景：新一代測序的發(fā)展方便了小樣本多基因突變的高通量處理和高靈敏檢測。對于包括癌癥在內(nèi)的多種疾病，了解病人目標(biāo)基因全面的突變情況有助于護(hù)理、臨床試驗以及進(jìn)一步研究。
目的：驗證一個泛癌的高通量檢測是否適合臨床使用。
設(shè)計：從68份臨床樣本和5份正常對照中提取DNA。其中64份 用TruSeq Amplicon Cancer Panel（illumina公司）成功處理，運行4次完成測序。數(shù)據(jù)使用4種不同filter設(shè)置分析（測序深度和突變頻率cutoff）。
結(jié)果 ：40個樣本構(gòu)建的文庫能在一次運行中成功測序，并且測序深度足夠進(jìn)行穩(wěn)健的數(shù)據(jù)分析。使用臨床樣本和對照品的稀釋表明突變檢測靈敏度低至5%。檢測具備高重復(fù)性和可重復(fù)性，并且與臨床驗證的Sanger測序結(jié)果100% 一致。使用 AmpliSeq Cancer Hotspot Panel（Thermo公司）做對比檢測，97% 的突變兩種panel都檢測到了。
結(jié)論：驗證了TruSeq Amplicon Cancer Panel是一種高靈敏度、高通量的泛癌突變panel，作為癌癥相關(guān)42種基因熱點突變的檢測適合用于臨床檢驗的常規(guī)使用。
方法和產(chǎn)品
DNA提取
血液和骨髓樣本DNA提取：QIAamp DNA Mini Kit （Qiagen公司）
FFPE樣本：QIAamp DNA FFPE kit （Qiagen公司）
FNA樣本：QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen)
DNA定量 ：Qubit dsDNA BR assay（Thermo）
FFPE 和FNA樣本質(zhì)控：FFPE QC Kit（illumina）
擴(kuò)增子文庫制備：TruSeq Amplicon - Cancer Panel （illumina）
測序： MiSeq Reagent Kit（illumina）
Sanger測序等驗證產(chǎn)品略
訂購信息
品牌 | 產(chǎn)品 | 貨號 | 規(guī)格 |
Qiagen | QIAamp DNA Mini Kit | 51304 | 50次 |
Qiagen | QIAamp DNA FFPE kit | 56404 | 50次 |
Qiagen | QIAamp DNA Micro Kit | 56304 | 50次 |
Thermo | Qubit dsDNA BR assay | Q32850 | 100次 |
Illumina | FFPE QC Kit | WG-321-1001 | 384次 |
Illumina | FC-130-1008 | 96 樣本 | |
Illumina | MS-102-2002 | 300次 |
自備儀器：Miseq測序儀、Qubit 熒光定量儀等
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