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它的成就，首先在藥物分類上改變了原有上、中、下三品分類法，采取了“析族區類，振綱分目”的科學分類。它把藥物分礦物藥、植物藥、動物藥。又將礦物藥分為金部、玉部、石部、鹵部四部。植物藥一類，根據植物的性能、形態、及其生長的環境，區別為草部、谷部、菜部、果部、木部等5部；草部又分為山草、芳草、醒草、毒草、水草、蔓草、石草等小類。動物一類，按低級向高級進化的順序排列為蟲部、鱗部、介部、禽部、獸部、人部等6部。還有服器部。這種分類法，已經過渡到按自然演化的系統來進行了。從無機到有機，從簡單到復雜，從低級到高級，這種分類法明顯含有生物進化的思想，受到達爾文的高度重視。達爾文在《動物和植物在家養下的變異》一書中，引用了《本草綱目》中關于雞的七個品種和金魚家化的資料。尤其對植物的科學分類，要比瑞典的分類學家林奈早二百年。

《本草綱目》廣泛涉及醫學，藥物學，生物學，礦物學，化學，環境與生物，遺傳與變異等諸多科學領域。 它在化學*，較早地記載了純金屬、金屬、金屬氯化物、硫化物等一系列的化學反應。同時又記載了蒸餾、結晶、升華、沉淀、干燥等現代化學中應用的一些操作方法。李時珍還指出，月球和地球一樣，都是具有山河的天體，“竊謂月乃陰魂，其中婆娑者，山河之影爾”。《本草綱目》不僅是我國一部藥物學巨著，也不愧是我國古代的百科全書。正如李建元《進本草綱目疏》中指出：“上自墳典、下至傳奇，凡有相關，靡不收采，雖命醫書，實該物理。”

本草綱目（中醫典籍） 《本草綱目》共有52卷，載有藥物1892種，其中載有新藥374種，收集醫方11096個，書中還繪制了1111幅精美的插圖，方劑11096首（其中8000余首是李時珍自己收集和擬定的），約190萬字，分為16部、60類。每種藥物分列釋名（確定名稱）、集解（敘述產地）、正誤（更正過去文獻的錯誤）、修治（炮制方法）、氣味、主治、發明（前三項指分析藥物的功能）、附方（收集民間流傳的藥方）等項。全書收錄植物藥有881種，附錄61種，共942種，再加上具名未用植物153種，共計1095種，占全部藥物總數的58%。李時珍把植物分為草部、谷部、菜部、果部、本部五部，又把草部分為山草、芳草、溼草、毒草、蔓草、水草、石草、苔草、雜草等九類，是我國醫藥寶庫中的一份珍貴遺產。是對16世紀以前中醫藥學的系統總結，被譽為“東方藥物巨典”，對人類近代科學影響大。