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李時(shí)珍利用太醫(yī)院良好的學(xué)習(xí)環(huán)境，不但閱讀了大量醫(yī)書，而且對(duì)經(jīng)史百家、方志類書、稗官野史，也都廣泛參考。同時(shí)仔細(xì)觀察了國外進(jìn)口的以及國內(nèi)貴重藥材，對(duì)它們的形態(tài)、特性、產(chǎn)地都一一加以記錄。過了一年左右，為了修改本草書，他再也不愿耽下去了，借故辭職。

在回家的路上，一天，李時(shí)珍投宿在一個(gè)驛站，遇見幾個(gè)替官府趕車的馬夫，圍著一個(gè)小鍋，煮著連根帶葉的野草，李時(shí)珍上前詢問，馬夫告訴說：“我們趕車人，整年累月地在外奔跑，損傷筋骨是常有之事，如將這藥草煮湯喝了，就能舒筋活血”。這藥草原名叫“鼓子花”，又叫“旋花”，李時(shí)珍將馬夫介紹的經(jīng)驗(yàn)記錄了下來。寫道：旋花有“益氣續(xù)筋”之用。此事使李時(shí)珍意識(shí)到修改本草書要到實(shí)踐中去，才能有所發(fā)現(xiàn)。

李時(shí)珍為了修改本草書，對(duì)各種醫(yī)書上的不同記載進(jìn)行調(diào)查研究，為了搞清形態(tài)相似的蘋、水萍和萍逢草，曾到家門口的雨湖，還到較遠(yuǎn)的馬口湖、沿市湖、赤東湖進(jìn)行采集，耐心觀察比較，終于糾正了本草書上的長期混亂。

為了搞清白花蛇的形態(tài)，驗(yàn)證書本記載，李時(shí)珍來到了蘄州城北的龍蜂山捕蛇（白花蛇為蘄州特產(chǎn)），只聽得有人唱道：“白花蛇，誰叫爾能辟風(fēng)邪，上司索爾急如火，州中大夫只逼我，一時(shí)不得皮肉破”。隨著歌謠而來的是幾個(gè)肩背竹簍的捕蛇人，他們正朝著幾棵石楠藤走去，據(jù)說白花蛇愛吃石楠藤的葉，所以石楠藤也就成了白花蛇的“家”，日夜盤纏在石楠藤上。捕蛇人發(fā)現(xiàn)白花蛇后，立即從地上撈起一把沙土，對(duì)準(zhǔn)白花蛇撒去，說來也奇，白花蛇遇到沙土，真像面粉遇水一樣，縮成了一團(tuán)，捕蛇人立即上前用木叉往白花蛇的頸部叉去，另一手抓住蛇體的后部，這時(shí)白花蛇再也施不出威力來了。李時(shí)珍走上前去仔細(xì)觀察了白花蛇的形態(tài)，只見蛇頭大似三角形，嘴里長著4只長牙，背上有24塊斜方格，腹部還有斑紋，與一般的蛇，確實(shí)不一樣。接著，捕蛇人格蛇掛在路旁的小樹上，用刀剖其腹，去其內(nèi)臟，盤曲后裝進(jìn)了竹簍筐，據(jù)說，將蛇烘干后，才能當(dāng)藥用。李時(shí)珍記錄了捕蛇過程中的每一個(gè)細(xì)節(jié)活動(dòng)，不僅補(bǔ)充了本草書，也為后來編寫《白花蛇傳》，提供了重要材料。幾年后，李時(shí)珍又根據(jù)白花蛇的祛風(fēng)特性，制成了專治半身不遂和中風(fēng)的“白花蛇酒”。據(jù)現(xiàn)代藥理分析，證明白花蛇的提取物，具有鎮(zhèn)靜、鎮(zhèn)痛，擴(kuò)張血管和降壓作用。