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穿山甲又叫鯪鯉，根據陶弘景著《本草經集注》的記載，穿山甲是一種食蟻動物，它“能陸能水，日中出岸，張開鱗甲如死狀，誘蟻入甲，即閉而入水，開甲蟻皆浮出，圍接而食之。”穿山甲的生活習性果真是這樣嗎?為了弄清這個問題，李時珍跟隨獵人進入深山老林，進行穿山甲解剖，發現該動物的胃里確實裝滿了未消化的螞蟻，證明了本草書的記載是正確的。但李時珍發現穿山甲不是由鱗片誘蟻的，而是“常吐舌誘蟻食之”。他修訂了本草書上關于這一點的錯誤記載。同時他又在民間收集了穿山甲的藥用價值，記載了一段“穿山甲、王不留，婦人食了乳長流”的順口溜。

有人說，北方有一種藥物，名叫曼陀羅花，吃了以后會使人手舞足蹈，嚴重的還會麻醉。李時珍為了尋找曼陀羅花，離開了家鄉，來到北方。終于發現了獨莖直上高有四五尺，葉像茄子葉，花像牽牛花，早開夜合的曼陀羅花，他又為了掌握曼陀羅花的性能，親自嘗試“乃驗也。”并記下了“割瘡灸火，宜先服此，則不覺苦也”。據現代藥理分析，曼陀羅花含有東莨菪堿，對中樞神經有興奮大腦和延髓作用，對末梢都有對抗或麻痹副交感神經作用。

李時珍在做曼陀羅花毒性試驗時，聯想到本草書上關于大豆有解百藥毒的記載，也進行了多次試驗，證實了單獨使用大豆是不可能起解毒作用的，如果再加上一味甘草，就有良好的效果，并說：“如此之事，不可不知”。

李時珍不僅對植物藥、動物藥進行仔細的調查、觀察，對礦物藥也做了不少調查工作。他曾到過銅礦、鉛礦、石灰窯等地進行調查研究。根據本草書的記載，鉛是無毒的物質。李時珍為了了解鉛的性能，深入礦區，見到礦工們的艱苦工作條件，寫道：“鉛生山穴石間，人挾油燈入至數里，隨礦脈上下曲折砍取之”通過對礦工們的健康調查，認識到鉛是有毒物質，“性帶陰毒，不可多服”。同時又掌握了鉛中毒會引起中毒性肝炎而出現黃疸癥狀。“若連月不出，則皮膚萎黃，腹脹不能食，多致疾而死”。

“水銀”據以前本草書記載，言無其毒；言其久服*；言為長生不老之藥。確有其事嗎?李時珍通過調查，認識到水銀是由丹砂加熱后分解出來的（“汞出于丹砂”）；水銀和硫磺一起加熱，可以變成銀朱（硫化汞）；水銀加鹽等，又可以變成另一種物質，名叫輕粉。由此，他記述水銀是一種“溫燥有毒”的物質。“若服之過劑”“則毒被蒸竄入經絡筋骨”，“變為筋攣骨痛，發為癰腫疳漏，或手足破裂，蟲癬頑痹，經年累月，遂成疾癌，其害無窮。”李時珍又根據六朝以來久服水銀而造成終身殘廢的歷史事實，駁斥了久服水銀可以長生不老的無稽之談，并寫道："方士固不足道，本草其可妄言哉。”

李時珍是一個富有求實精神的醫藥家；為了完成修改本草書的艱巨任務，他幾乎走遍了湖北省、湖南、江西、安徽、江蘇等地的名川大山，行程不下*。同時，他又參閱了800多家書籍，經過3次修改稿，終于在61歲（公元1578年）的那年，編成了《本草綱目》。后來又在他的學生、兒子、孫子的幫助下，使《本草綱目》更加完整，更加精美。《本草綱目》包含著李時珍將近30年的心血，記錄著李時珍飽嘗苦辛的艱難歷程。