染色質(zhì)免疫沉淀 (ChIP) 是一種用于表觀遺傳學研究的技術，可以快速反映蛋白質(zhì)-DNA 相互作用。 想要獲得理想的結果，選擇適合的抗體固然很關鍵，ChIP 流程中所有步驟也很重要。 該技術利用了多種分子生物學和蛋白質(zhì)組學方法。

CHIP免疫沉淀實驗原理：

染色質(zhì)免疫沉淀技術的原理是：在生理狀態(tài)下把細胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起，通過超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后，利用抗原抗體的特異性識別反應，將與目的蛋白相結合的DNA的片段沉淀下來。染色質(zhì)免疫沉淀技術一般包括細胞固定，染色質(zhì)斷裂，染色質(zhì)免疫沉淀，交聯(lián)反應的逆轉(zhuǎn)，DNA的純化，以及DNA的鑒定。因為ChIP實驗涉及的步驟多，結果的重復性較低，所以對ChIP實驗過程的每一步都應設計相應的對照，而且對結果的分析也需要有一定的經(jīng)驗。對于剛剛開始使用ChIP技術的研究人員來說，使用成熟的商品化試劑盒和相關的技術服務會達到事半功倍的效果。

CHIP免疫沉淀實驗步驟

細胞固定

甲醛能有效的使蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)，蛋白質(zhì)-DNA，蛋白質(zhì)-RNA交聯(lián)，形成生物復合體，防止細胞內(nèi)組分的重新分布。甲醛的交聯(lián)反應是*可逆的，便于在后續(xù)步驟中對DNA和蛋白質(zhì)進行分析。交聯(lián)所用的甲醛終濃度為1%，交聯(lián)時間通常為5分鐘到1個小時，具體時間根據(jù)實驗而定。值得注意的是，交聯(lián)時間如果過長，細胞染色質(zhì)難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且實驗材料也容易在離心過程中丟失。交聯(lián)時間如果過短，則交聯(lián)不*，產(chǎn)生假陰性。甲醛的交聯(lián)反應可被加入的甘氨酸終止。

染色質(zhì)斷裂

交聯(lián)后的染色質(zhì)可被超聲波或Micrococcal Nuclease切成400~600 bp的片段（用瓊脂糖凝膠電泳檢測），以便暴露目標蛋白，利于抗體識別。超聲波是使用機械力斷裂染色質(zhì)，容易引起升溫或產(chǎn)生泡沫，這都會引起蛋白質(zhì)變性，進而影響ChIP的效率。所以在超聲波斷裂染色質(zhì)時，要在冰上進行，且要設計時斷時續(xù)的超聲程序，保證低溫。另外，超聲探頭要盡量深入管中，但不接觸管底或側壁，以免產(chǎn)生泡沫?？偝晻r間也不要太長，以免蛋白降解。

通過五個步驟獲得理想 ChIP 結果

CHIP免疫沉淀建議

使用的交聯(lián)劑類型取決于需要觀察的相互作用的類型

交聯(lián)不充分，以及與甲醛過度交聯(lián)，會增加背景信號并導致 DNA 丟失

過度交聯(lián)會影響抗原的結合，掩蓋表位，妨礙超聲處理

在顯微鏡下比較樣品前后變化，檢查細胞裂解的效率

不同類型的細胞有不同嚴格程度的裂解要求

如果在裂解中使用超聲處理，應將染色質(zhì)置于在冰上并將脈沖限制在 30 秒以內(nèi)，以避免蛋白質(zhì)因過熱而變性。