凝膠色譜柱由一個管狀柱體和填充材料組成。填充材料常用的有聚丙烯酸凝膠、瓊脂糖凝膠等。凝膠材料具有一定的孔徑大小和表面特性，可以根據分子的大小、形狀和親疏水性選擇合適的填充材料。
凝膠色譜柱要是利用凝膠網狀結構的分子篩作用，根據被分離物分子大小不同進行分離。具有的優點有分離條件溫和，適用于不穩定的分子，樣品回收率高，重復性高，操作的時間相對較短，所需要的設備簡單、經濟。
凝膠色譜柱的分離機理主要包括凝膠顆粒的吸附和分子篩效應。凝膠顆粒表面的功能基團能夠與化合物發生作用，形成化學鍵，使其被固定在凝膠上。當樣品通過凝膠色譜柱時，分子會根據其不同的分子大小、電荷、親疏水性等物理化學性質在凝膠顆粒表面逗留時間不同，從而實現分離和純化。
該產品不但可以用于分離測定高聚物的相對分子質量和相對分子質量分布，同時根據所用凝膠填料不同，可分離油溶性和水溶性物質，分離相對分子質量的范圍從幾百萬到100以下。
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