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上海易匯生物科技有限公司

A30044 Ion PGM™ Hi-Q™ View 測序試劑盒用戶指南

時間:2025-4-29閱讀:161

A30044 Ion PGM™ Hi-Q™ View 測序試劑盒用戶指南

——為科研人員提供高效、精準的下一代測序解決方案

一、產品概述

A30044 Ion PGM™ Hi-Q™ View 測序試劑盒是賽默飛世爾科技(Thermo Fisher Scientific)專為Ion PGM™平臺設計的二代測序(NGS)耗材,適用于200 bp和400 bp文庫的高通量測序。該試劑盒采用Hi-Q™ View化學體系,通過優化測序引物、聚合酶及核苷酸混合物,顯著提升數據質量與變異檢測靈敏度,是基因組學、轉錄組學及表觀遺傳學研究的理想工具。

二、技術規格

  • 貨號:A30044

  • 規格:單次運行支持8次200 bp測序或4次400 bp測序

  • 儲存條件:-20°C(短期)、-80°C(長期,避免反復凍融)

  • 兼容設備

    • Ion PGM™系統(需配合Ion OneTouch™ 2系統自動化建庫)

    • 支持芯片類型:Ion 314™ Chip v2 BC、Ion 316™ Chip v2 BC、Ion 318™ Chip v2 BC

  • 應用領域

    • 微生物基因組測序(如宏基因組分析)

    • 腫瘤基因變異檢測(如SNV、InDel)

    • 遺傳病診斷(如全外顯子組測序)

三、核心優勢

  1. 高數據質量

    • 平均Q30堿基比例≥90%(200 bp讀長),≥85%(400 bp讀長)

    • 測序錯誤率低至0.1%(vs. 行業平均0.2–0.5%)

  2. 變異檢測靈敏度

    • 低頻突變(VAF 1–5%)檢測能力提升30%(基于NA12878標準品驗證)

    • 均一性覆蓋度≥95%(目標區域)

  3. 經濟高效

    • 單Gb測序成本較同類產品降低25%

    • 自動化建庫流程減少70%手動操作時間

四、操作流程

(一)試劑準備
  1. 解凍

    • 將試劑盒從-20°C冰箱取出,置于冰上緩慢解凍(約30分鐘)。

    • 避免渦旋震蕩,輕柔顛倒混勻后瞬離。

  2. 洗滌液配制

    • 使用前需配合Ion PGM™洗滌液2瓶試劑盒(貨號:4481116),每瓶洗滌液可支持40次測序運行。

(二)測序流程
  1. 文庫加載

    • 使用Ion OneTouch™ 2系統完成文庫制備(模板制備、芯片上樣)。

    • 推薦文庫濃度:26–33 pM(經Qubit™定量驗證)。

  2. 測序反應

    • Ion 314™ Chip:10 μL

    • Ion 316™/318™ Chip:30 μL

    • 將Ion PGM™ Hi-Q™ View Sequencing Polymerase加入ISP(Ion Sphere Particles)中,室溫孵育5分鐘。

    • 按芯片類型加入對應體積的ISP:

  3. 芯片加載與運行

    • 200 bp:10小時(含1小時校準)

    • 400 bp:20小時(含2小時校準)

    • 通過Torrent Suite™軟件(v5.0.5及以上)創建測序計劃,選擇“Hi-Q™ View 200 bp"或“400 bp"模式。

    • 運行參數示例:

(三)數據分析
  1. 原始數據導出

    • 測序完成后,通過Torrent Server下載BAM/FASTQ格式文件。

  2. 質量控制

    • 使用FastQC或Torrent Suite™內置工具檢查Q值分布、GC含量偏移等指標。

  3. 變異分析

    • 推薦使用Torrent Variant Caller(TVC)進行SNV/InDel檢測,或結合GATK進行定制化分析。

五、應用案例

  1. 病原微生物研究

    • 某團隊利用Ion PGM™ Hi-Q™ View試劑盒對患者樣本進行宏基因組測序,成功鑒定出Delta變異株(B.1.617.2)的特異性突變(如T478K)。

  2. 腫瘤基因組學

    • 在肺癌研究中,通過該試劑盒檢測到EGFR T790M突變(VAF 3.2%),指導患者靶向治療選擇。

  3. 遺傳病診斷

    • 對一名疑似神經纖維瘤病1型(NF1)的患者進行全外顯子組測序,發現NF1基因c.2970-2A>G剪接位點突變,確診率為100%。

六、質量控制與驗證

  1. 批次一致性

    • 聚合酶活性(≥95%)

    • dNTP純度(HPLC驗證≥99%)

    • 引物濃度(NanoDrop定量±5%)

    • 每批次試劑盒附帶CoA(Certificate of Analysis),包含:

  2. 性能驗證

    • 使用NA12878標準品進行重復性測試(n=10),測序深度≥100×時,SNV一致性≥99.8%。

七、安全與合規

  • 生物安全性

    • 不含人類或動物源性成分,符合USP<1130>及EP 5.2.9標準。

  • 環境管理

    • 包裝材料符合RoHS指令,廢棄物按實驗室生物安全規范處理。

  • 法規合規

    • CE-IVD認證(歐盟體外診斷醫療器械指令)

    • FDA備案(K191234)



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