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彗星實驗:一起來看“彗星雨”

時間:2019/11/5閱讀:1187
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彗星實驗(Comet assay)也被稱為單細胞凝膠電泳實驗(Single cell gel electrophoresis,SCGE),是一種在單細胞水平上檢測DNA損傷的技術。當各種內源性和外源性 DNA 損傷因子誘發細胞 DNA 鏈斷裂時,其超螺旋結構受到破壞,在細胞裂解液作用下,細胞膜、核膜等膜結構受到破壞,細胞內的蛋白質、RNA 以及其他成分均擴散到電解液中,而核DNA由于分子量太大不能進入凝膠而留在原位。電泳過程中,如果DNA沒有損傷,則將停留在原位,染色后呈圓形的熒光團,無拖尾出現。如果DNA受損,斷裂的碎片進入到凝膠中,在電場的作用下,DNA碎片離開原位向陽極遷移,形成拖尾。DNA受損越嚴重,斷裂越多,產生的碎片就越多、越小,則向陽極遷移的DNA碎片量就越多,遷移距離也越長,熒光染色后就能看見“彗星”樣尾長并且熒光強度增強。

目前有兩種常見的彗星實驗檢測方式——堿性處理&中性處理。在堿性處理條件下,DNA發生變性,因而可檢測包括單鏈及雙鏈斷裂在內的所有DNA 損傷;在中性處理條件下,DNA 維持雙鏈構象,因而僅可以檢測雙鏈斷裂。

實驗大體流程如下:

1. 制備單細胞懸浮液,在 37℃ 條件下,懸浮液與低熔點瓊脂糖(LM瓊脂糖)混合;

2. 將瓊脂糖、細胞混合物涂布在預處理的載玻片上;

3. 4℃條件下用裂解液處理30-60min或過夜,裂解液由去垢劑及高鹽溶液組成,可去除多余的細胞膜及組蛋白;

4. 將載玻片浸入電泳溶液中;

5. 進行凝膠電泳,隨后,中和載玻片,待LM瓊脂糖*干燥后,用熒光染料染色,并于熒光顯微鏡下觀察DNA損傷程度。

注:常用的熒光染料是SYBR Gold,但熒光染料的觀察需要熒光顯微鏡。如果選擇銀染,使用標準的光學顯微鏡觀察即可。

圖片處理

在拍照時以tif格式保存圖片,然后用CASP彗星分析軟件分析,如下圖是軟件打開的界面?

接下來?導入圖片,用白色畫框選中要分析的區域。下圖中的“調整”項可以調整畫框的位置以包含整個細胞,開始分析前要點擊“開始”,然后點“分析”,再點“保存”,這樣一張圖的數據就分析完了,數據會保存在系統里。點擊“翻頁”可以繼續分析下一張圖。

分析完所有圖片后導出數據到Excel表格,保留TailDNA%(尾部DNA百分含量),TailLength(尾長),TailMoment(尾矩)三列數據。根據細胞尾部的DNA百分含量(即TailDNA%),將采集的細胞圖像分為5級:彗星尾部熒光強度(TailDNA%)占總強度為0-6%是0級;6.1%-17.0%是1級;17.1%-35.0%是2級;35.1%-60.0%是3級;60.1%-100.0%是4級。

彗星率等于彗星細胞數目(除去0級細胞)占總細胞數目的百分比。任意值等于各等級細胞的百分比與其對應的級別號的乘積之和,它可以綜合反映細胞的DNA損傷情況。后,綜合分析Tail DNA%、Tail length、Tail moment、彗星率和任意值,共5個指標比較細胞的DNA損傷程度。

Trevigen作為一家專注于開發細胞凋亡、DNA損傷和修復、腫瘤細胞功能與行為等相關研究產品的美國生物技術公司擁有彗星實驗全線產品:

Trevigen是一家快速成長的美國生物技術公司,專注于細胞凋亡、DNA損傷和修復、腫瘤細胞功能與行為等方面研究的腫瘤研究產品和服務。作為 Trevigen在中國區域的總代理,艾美捷與Trevigen一道為中國的科研工作者提供超好的氧化應激、細胞損傷和腫瘤細胞行為研究等領域內的 產品和技術服務。

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