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一、外觀直接觀察鑒定
外觀菌種，菌絲濃白、粗壯、富有彈性，則生命力強；如果菌種菌絲wei縮，干燥無色澤，或菌絲體自溶產生了多量紅褐色液體，則生活力已變弱，不宜再用；木塊菌種如仍保持硬實，則屬于生活力強的菌種，如若木塊變得軟化松散，則已老化，不宜使用。
二、淺灰鏈霉菌培養觀察鑒定
對于分離、選育和引進的菌種，通過培養，觀察菌絲體對干、濕度和溫度等方面的適應特性。如將菌絲體置于偏干、偏濕和干濕相宜的條件下培養，若菌絲在前兩種條件下能良好生長，而在干濕相宜的條件下生長*，則說明是好菌種。
三、液體培養鑒定
配制2％糖水溶液，經常規滅菌消毒，挑取黃豆粒大的菌塊，放入100毫升上述溶液中，置于25—28℃溫度下培養3—7天后，若液面出現氣泡，產生“油皮”，發生渾濁現象，說明菌種本身有雜菌；如果苗塊下沉，或遲遲才長出很薄的菌絲層，則說明菌種生活力弱；如若液面四周的菌絲生長快，且濃白呈棉絮狀，則表明菌種生命力強。
四、鋸木屑瓶栽鑒定和周期產量鑒定
瓶栽鑒定的做法與培育栽培的方法相似，把鋸木屑培養料裝得松一些，適當加大濕度，把需要鑒定的菌種接種于培養基中，做好記錄，在26℃恒溫下培養15天。然后使溫度降至15—20℃，并給予較好的散射光條件，再培育半個月左右，在瓶壁和料面上就會出現子實體原基和少量子實體。若未發現雜菌和異常現象，再把菌種接在木段上，做周期產量鑒定。如果子實體生長旺盛，高產，具備優良品種特性，并且沒有雜菌混生，說明菌種可靠，可以保存并投入大面積。

 嗜熱脂肪地芽孢桿菌
 嗜熱鏈球菌
 費氏志賀氏菌（福氏志賀氏菌)
 Hyphomonas adhaerens
 脫硫弧菌脫硫亞種（脫硫微螺菌、脫硫螺菌、脫硫桿菌、脫硫芽孢弧菌、脫硫弧菌）
 厭氧消化鏈球菌
 銅綠假單胞菌(綠膿桿菌)
 纖維纖維微菌
 長野解普魯蘭桿菌
 變異鏈球菌
 人蒼白桿菌
 戊糖乳桿菌
 菊糖芽孢乳桿菌
 豇豆慢生根瘤菌
 長雙歧桿菌
 鰒發光桿菌
 斯氏梭菌
 嗜鹽四聯球菌
 海蘇特氏菌
 耐久腸球菌(堅韌鏈球菌)
 海氏腸球菌
 盲腸腸球菌
 伴放線放線桿菌
 類干酪乳桿菌類干酪亞種
 嗜肺軍團菌
 谷氨酸棒狀桿菌（黃色短桿菌）
 發酵纖維單胞菌
 長赤細菌
 海洋鹽單胞菌
 Georgenia muralis
 河流弧菌
 善變副球菌
 干酪棒桿菌（乳酪棒桿菌）