采用冷凍干燥工藝可以獲得多種藥品，如化藥、生物制品、中藥、納米藥物、止血貼膜等，而不同的藥物的容器不同，因此也就有了不同的藥品凍干方法：如玻璃小瓶凍干法，托盤原料藥凍干法、薄膜原料凍干法、片劑凍干法、預灌針凍干法。
玻璃小瓶凍干制劑是注射劑中的一種常見的凍干制劑，其凍干制備的方法是：
藥液配制→過濾除菌→制品的內包裝容器的消毒滅菌清洗干燥→藥液的灌裝→凍結真空冷凍干燥升華解析→凍干機內密封。
托盤原料粉凍干制品是采用冷凍干燥工藝方法對原料藥進行精制干燥，得到用于制劑的無菌粉末原料，其制備工藝路線為：
藥液配制→過濾除菌→制品的容器托盤→藥液灌裝→真空冷凍干燥→粉碎過篩→混合裝入無菌容器。
預灌裝注射凍干制劑是將凍干制劑和助溶劑，由密封材料隔斷并組合在一起的制劑。使用時，推注射器將助溶劑進入凍干粉針劑的空間，并迅速溶解成為注射劑的制劑。其工藝過程為：藥液配制→過濾除菌→注射器形式的內包裝容器→藥液灌裝→真空冷凍干燥→凍干機干燥箱體內注射器中部密封→另外制造的溶解液灌裝在與凍干藥品相鄰的腔體內→注射器密封。
粉末分裝的凍干工藝技術路線如下所示：
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