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凍干機控制系統應具有凍干曲線設定、除菌滅菌、在線清洗、真空控制，干燥狀態檢測，故障報警器維修檢查等功能。一個研發凍干機或者生產型凍干機或者中試型凍干機的控制系統要能進行全自動的凍干控制，包括預凍、加熱、抽真空、壓塞、放氣、除菌滅菌等。在觸摸屏上可以顯示溫度，壓力，時間，周期狀態等，也可以顯示報警信息。控制系統應可預先設置凍干曲線，當進行全自動操作時，控制著系統需要將預先設置好的凍干曲線送入可編程控制器plc，只需要按下執行即可自動執行.凍干機軟件可記錄各種運行設備的累計運行時間、歷史記錄、隨機和定時數據報表曲線等.同時自動記錄多項故障和事件發生，多點記錄儀可顯示制品溫度，干燥箱體真空泵的真空度等，同時對冷阱的溫度進行報警監視，對于中間任何階段可以隨時進行人工干預（有權限的）.

凍干過程中各階段要求對影響凍干質量的各種物理參數，如干燥箱內部的真空度、制品溫度、板層溫度、清洗、滅菌、壓力、設備運行時間等進行完整的記錄.。凍干機控制系統著重強調凍干工藝的準確完成和電子記錄的完整性即可追溯性.主要包含1、密碼保護.2、電子記錄可追溯性3、電子記錄完整性。4電子記錄文件格式應是不可更改.

凍干控制系統顯示界面主要包含1.系統內所有部件的運行狀況；2.執行操作信息及報警；3.記錄凍干周期的參數；4.處理和存儲操作數據；5.提供凍干過程報告；。6排除可能發生的誤操作；7防止未被授權的人員進入操作系統。

凍干機的操作系統的功能應得到zui大程度的利用，可以自動化的減少人為操作，為批量生產和放大生產打下基礎。但是凍干機應帶半自動操作，也就是前期工藝摸索的過程是采用半自動操作的，等工藝摸索出來可以采用全自動模式運行。