引自10x Genomics的亞細胞空間原位表達分析技術(Xenium),通過已有/定制探針panel與靶點,在新鮮冷凍(FF)組織或福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織切片上快速檢測大量靶點的組織原位轉錄本表達水平,實現亞細胞分辨率對基因進行靶向空間原位分析,揭示細胞結構與功能的關系。
一、技術流程及原理
首先在Xenium載玻片上制備FF或FFPE組織切片(每塊載玻片上的可成像區域為12mm x24mm)。然后對切片進行處理,RNA能更好的與可環化的DNA探針進行雜交。雜交探針連接后產生可酶促擴增的環狀DNA探針。之后將載玻片放入Xenium分析儀中,樣本在其中經過連續幾輪的熒光探針雜交、成像和去除,產生明亮、易于成像且高信噪比的信號。接著生成每個基因特異性的熒光特征條碼,實現目標基因的定位和識別。最后構建出整張組織切片上亞細胞水平的空間原位圖譜。
二、技術特點與優勢
1、亞細胞分辨率
原位顯微成像的檢測方法,保留RNA分子的原位特征,亞細胞分辨率水平還原組織中細胞最真實的大小和邊界區分,實現“真"細胞-細胞通訊、受體-配體互作的可視化研究。
2、兼容多樣本類型
兼容新鮮冷凍組織(FF)和福爾馬林固定石蠟包埋組織(FFPE)樣品,滿足臨床及科研樣本的檢測分析需求。
3、高靈敏性和特異性
平均每個基因設計8對探針,根據表達量高低調整探針數量;du特的配對捕獲探針設計,增強了檢測的靈敏性和特異性。
4、panel組合靈活定制
panel基礎上,可靈活定制多至100個靶標基因,更兼容全定制服務,增強了臨床和科學研究的創新性,同時可根據普通轉錄組RNA-seq以及單細胞轉錄組數據scRNA-seq實驗中已獲取的數據,定制高達300個靶點的個性化研究策略,助力轉化研究和空間水平挖掘。
5、全景“無gap"掃描及玻片再利用
成像區域(12 x 24 mm)內開展超高重靶點的組織全景無gap掃描,Xenium實驗后仍可繼續利用同一玻片做其他實驗,可高效充分地利用珍貴的臨床樣本。
6、強大的數據綜合分析及深度挖掘能力
wan全標準化的集成生物信息學分析流程,經驗豐富的多組學數據分析團隊,能夠對生物學數據及臨床數據進行綜合分析及深度挖掘,使得數據挖掘更加便捷化、個性化。
三、技術服務內容
目前guan方已經推出panel包括:人乳腺 280 個基因、人腦 266 個基因、人肺 289 個基因、人皮膚282個基因、人結腸322個基因、人腫瘤免疫380個基因、人類多種組織癌癥組織377個基因、小鼠腦 247 個基因和小鼠組織圖譜379個基因,以上panel均可增加 1~100 定制化基因。應用場景仍在不斷拓展,未來會有更多組織類型的商品化 Panel,應用于腫瘤、發育等不同領域的探索。
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