細胞調亡是細胞主動死亡的過程，并出現一系列特征變化。包括核固縮、核碎裂、凋亡小體形成，以及DNA特征性片段化、新的基因表達和特定的生物大分子合成等。
流式細胞儀可以對不同細胞凋亡的過程進行定性和定量檢測，通過檢測細胞膜完整性來反應細胞凋亡是常用的流式檢測細胞凋亡常用方法之一。
其原理是：①用Annexin V檢測早期凋亡細胞：Annexin V可以結合細胞膜上的磷酯酰絲氨酸，磷酯酰絲氨酸位于正常細胞膜內側，不會被檢測到，凋亡時外翻到細胞膜外表面，可以被檢測到。
②用PI或者7AAD檢測晚期凋亡細胞：早期凋亡的細胞，未喪失細胞膜選擇通透性，PI/7AAD無法進入，晚期凋亡的細胞，失去細胞膜選擇通透性，PI/7AAD可以對細胞核進行染色。但由于Annexin V本身沒有熒光，因此需要偶聯熒光基團，以便被流式細胞儀檢測，通常會偶聯FITC、eGFP、AF488、APC等基團。
細胞凋亡檢測試劑盒一般會將偶聯不同熒光基團的Annexin V與PI和7AAD任意組合。細胞凋亡檢測試劑盒的選擇應該遵循以下原則：
如果細胞沒有自發熒光，可以選擇常用的紅綠組合的試劑盒，比如Annexin V-FITC/PI或者Annexin V-eGFP/PI。這類試劑盒由于只需要488 nm激光器，并且熒光光譜重疊較小，對實驗人員的技術要求相對較低，所以應用非常廣泛。
如果細胞本身需要檢測綠色熒光，則應該避開FITC、eGFP等綠色熒光，可以選擇Annexin V-APC/PI或者Annexin V-APC/7AAD組合的試劑盒。由于APC和PI的熒光光譜有較大重疊，因此對檢測儀器和技術人員有較高要求，初學者通常需要仔細詢問相關技術人員方可開展實驗。
如果細胞本身需要檢測紅色熒光，則應確認紅色熒光的激發光和發射光波長，如果與PI和7AAD的激發光和發射光均相似，則不能用這類試劑盒檢測該細胞的凋亡。如果激發光或者發射光與PI或者7AAD有較大差異，則要具體情況具體分析，以熒光光譜重疊小為原則進行試劑盒的選擇。
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