一、光學顯微鏡觀察
凋亡細胞的主要特征為核染色質致密深染，形成致密質塊，有時可碎裂。
檢測方法：細胞涂片或組織石蠟切片作HE染色或Giemsa染色，在高倍物鏡下觀察凋亡細胞的形態改變，結合顯微測量工具可作凋亡細胞計數。
二、視頻時差顯微技術
細胞培養中常用，通過相差顯微鏡可動態觀察細胞凋亡的變化過程，尤其是觀察細胞表和外形的變化。
檢測方法：收集2×10^5細胞/ml培養的細胞，置于多孔培養板，加入凋亡誘導劑，在帶有自動攝像裝置的相差顯微鏡下觀察凋亡細胞的動態改變，每隔1分鐘作序列攝影，連續24小時。如同進行熒光染色，可參熒光晃微鏡下觀察和攝影。
三、電子顯微鏡觀察
雖然光學顯微鏡下可以看見胞膜起泡現象和凋亡小體，但凋亡細胞的形態學變化大多發生在超微結構，因此用光鏡觀察難以令人滿意，而透射電鏡可清楚地觀察到細胞結構在凋亡不同時期的變化。電鏡形態學觀察是迄今為止判斷凋亡經典、可靠的方法，被認為是確定細胞凋亡的金標準。
檢測方法：透射電鏡標本經戊二醛和餓酸雙重固定，丙酮脫水，環氧樹脂包埋，超薄切片，醋酸枸椽酸電子又重染色，透射電鏡觀察。掃描電鏡標本經戊二醛和二酸雙重固定，乙醇逐級脫水，二氧化碳臨界點干燥，真空噴金，掃描電鏡觀察。
四、流式檢測
流式細胞儀檢測凋亡細胞是通過檢查其光射特征及熒光參數時行的。細胞穿過流式細胞儀的激光束集點時使激光發生散射，分析散射光可以提供細胞大小及結構的信息。散射光包括前向散射光和左向角散射光兩種，前向散射光的強度與細胞大小、體積相產，側向散射光的強度與細胞結構的析射性、顆粒性(granu-larity)有關。
檢測方法：獲取密度1×10^6細胞/ml左右的細胞懸液，精洗，固定，熒光染料染色，上流式細胞儀分析。
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