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實驗室離心機分離方法不一，適用場合也不盡相同。目前最主流的離心分離方法主要是差速離心法和區帶離心法，其實在實驗室離心技術制備超離心法一文中有提及兩種離心方法，今天筆者對這兩種方法的原理及應用介紹進行補充和完善。
1. 差速離心法：許多具有生物活性的生物大分子和亞細胞器是不穩定的，需要低溫高速離心，常用的是差速離心法。通過離心后倒出上清液和沉淀分開，把分離出來的上清液再增大轉速離心，分離出第二部分沉淀，這樣不斷增大轉速，逐級分離出所需要的物質。利用這種方法可以有效地分離大小上差別較大的顆粒，但不能分離大小相似的顆粒，而且所分離出來的組分往往是不均一的，雜有其他種類的顆粒。
2.區帶離心法：其中又可以分為兩種：速率區帶離心和等密度速率區帶離心。
1) 速率區帶離心法：這是將小量懸液放在一平緩的密度梯度液上，用此梯度液來穩定顆粒的沉降。由于離心，顆粒離開起始區帶而移動，移動的速度是由顆粒的大小、形狀和它們所受實驗室離心機的離心力來決定的。離心一段時間歷，各種穎粒將按照它們的相對速度移動而各個分開，成為一系列區帶。用這種方法我們可以將沉降速度差為20%或者更大的顆粒。
2)等密度區帶離心法：這是將要分離的顆粒懸液放至密度梯度液上，或者實際上將顆粒溶于制作梯度的溶液中。通過離心，顆粒或者上浮或者下沉，達到與它們自己密度相同的液體處在這里它們沒有重量，不管離心多長時間，它們再也不移動了。這些顆粒可成為一系列區帶，每種顆粒在它自己的密度區。所以，這是一種利用顆粒浮密度的大小分離顆粒大小的方法。使用的介質通常是氯化銫(Cscl)和硫酸銫(Cs2SO4)。前者適合于DNA分離，后者適合于RNA分離。這種方法與速率區帶離心法相比，它有一個主要的缺點是在離心期間，顆粒不可避免地暴露在高濃度的梯度溶液中，會引起顆粒的部分損傷，并可能出現相當于損傷顆粒的一些額外的區帶。
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