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手性柱通過手性固定相與手性化合物分子之間的相互作用實現手性識別。這種相互作用包括氫鍵、偶極-偶極作用、π-π作用、靜電作用、疏水作用或空間作用等多種類型。這些作用力雖然微弱，但通過影響包埋復合物的形成和特殊位點與分析物的鍵合，共同作用于手性分離效果。
手性柱的使用注意事項：
流動相的選擇：流動相中不能含有無機酸、無機堿，也不能使用不含銅離子的鹽，以防止損壞設備。同時，流動相必須采用預混合方式走等度，避免在線混合方式。
pH值的控制：手性柱的使用應避免在pH低于4.0或高于7.0的條件下進行，最佳pH范圍為4.0～7.0。強堿性溶液的導入尤其容易導致手性柱不可逆損壞。
流速與柱壓：流速一般不大于0.8ml/min，柱壓應控制在50bar～100bar之間，以防超過色譜柱使用壓力上限。
柱的預處理與保養：新柱使用前需用合適的溶劑沖洗流路，并在使用過程中注意定期沖洗和保養，以延長柱的使用壽命。
樣品的溶解：樣品必須用水或流動相溶解，避免使用可能破壞手性固定相的溶劑。
