液相色譜分析中流動相很重要。溶劑瓶是流動相的起點，通常是盛放水相溶液或是有機相溶液。
對于水相溶液來說，主要的問題是防止污染。雖然液相用的水大都經過殺菌處理，但是細菌的生命力很頑強，在適當的溫度和光照情況下，它們就會活躍起來，如果在流動相里加入磷酸鹽一類的添加劑，它們更是如虎添翼。所以，對于溶劑瓶我們要做的重要的工作就是勤換流動相，常換常新。
對于有機相溶液，可以不用擔心細菌繁殖的問題。但是有機相容易發生聚合，特別是乙腈在適宜的光照條件下極易發生聚合，瓶子里就會出現一些絮狀的聚合沉淀物。為了防止聚合過程的發生，裝乙腈時要用棕色的溶劑瓶，避免陽光直射，更換乙腈時應當棄去瓶底剩余的溶液。
溶劑瓶里的過濾頭，其作用是為了防止溶液瓶中的顆粒雜質進入到儀器的流路系統中，它的材質通常分為玻璃燒結石英和不銹鋼，如果不慎堵塞會造成流動相吸液不暢，因此必須進行清洗，玻璃材質的通常是用稀硝酸泡，而不銹鋼材質的可以直接進行超聲清洗。
脫氣的目的是為了除去流動相中溶解的氣體，使色譜泵的輸液準確，保留時間和色譜峰面積再現性提高;使基線穩定，信噪比增加，防止氣泡引起尖峰，從而提高檢測器性能;減少死體積，防止填料氧化，從而保護色譜柱。目前常用的脫氣方法有以下4種。
(1) 氦氣脫氣法:利用液體中氦氣的溶解度比空氣低，連續吹氦脫氣，效果較好，但成本高；
(2) 加熱回流法:效果較好，但操作復雜，且有毒性揮發污染；
(3) 真空脫氣法:易抽走有機相；
(4) 超聲脫氣法:流動相放在超聲波容器中，用超聲波振蕩10～15min，此方法效果較差，但操作簡單。實際工作中，超聲脫氣法操作簡單，仍被廣泛應用，雖然此方法有時會引起氣體溶解度的增加，但基本上能滿足日常分析操作的要求。
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