在蛋白質藥物產品的質控要求中，肽圖分析是其中重要的
一環。肽圖分析包括對蛋白氨基酸序列進行確證及相關修飾的
鑒定和定量。根據蛋白藥物質譜分析特點和生物制藥應用的特
殊需求，Thermo Fisher 與 Amgen 聯合開發了 PepFinder TM 軟
件。
PepFinder 不僅具有zui基本的肽段序列確證、覆蓋率分析、
修飾位點鑒定與定量、二硫鍵分析、圖譜對比和肽段 CID/
HCD/ETD 譜圖解析等功能，還具有其*功能，如未知修飾
搜索功能和氨基酸突變搜索功能
[1-5] 。這兩項功能可以幫助分
析人員快速發現可能出現的序列突變，從而大大降低出現質量
風險的幾率。同時，PepFinder 還有更多實用的功能設計，如
內置 CHO 細胞系糖型、具有肽段鑒定可信度評價功能，還可
根據碎裂方式和能量智能預測多肽的理論碎裂譜圖，并用于與
實驗圖譜直觀對比，以輔助分析。這些功能不但減少工作強度，
也降低了對分析員理解質譜數據深度的要求。對于氨基酸固定
修飾設置，不同于其它類似軟件（固定修飾只可至某一類
氨基酸），在PepFinder中，可以到特定的某個氨基酸位點。
此功能對于蛋白藥的某些特殊分析需求提供了極大的便利。
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