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在這篇工作中，我們采用內標摻入 SILAC 的定量方法對大鼠胰島進行了蛋白質組以及磷酸化蛋白質組的定量研究。通過對 SILAC 培養基的成分比例調整，我們優化了 INS-1E 細胞的標記方法。胰島內包含多種細胞類型，如α細胞，β細胞，δ細胞等，我們發現采用 INS-1E 細胞系（一種β細胞系）已經可以較好的覆蓋胰島的全蛋白質組和磷酸化蛋白質組。若關心胰島中的α細胞的話，則可以標記α細胞系來作為內標摻入胰島。此外，我們還可以采用多種細胞系作為內標，這種稱為“Super SILAC”的方法來完成對復雜組織蛋白質的全覆蓋。

在磷酸化蛋白質組學流程中，我們采用了自制的基于StageTip 的TiO2萃取小柱來靈活的實現小量樣品的磷酸化肽段富集。樣品量始終是磷酸化以及其他一些翻譯后修飾研究繞不過去的話題，一般來說只有增加樣品量，并采取適當的預分級手段才能更深度的去覆蓋這些翻譯后修飾蛋白質組。ThermoFisher 也提供了商業化的 IMAC 試劑盒（Cat # 88300），鑒于 IMAC 和 TiO2 對磷酸化肽段富集有著較好的互補性，這兩者聯用會對磷酸化蛋白質組的深度覆蓋達到更好的效果。