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一探前沿|組學大咖2020新進展, Orbitrap助力頂級研究

閱讀:686      發布時間:2021-3-24
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 一探前沿|quan球組學大咖2020新進展, Orbitrap助力ding級研究

 

 

 

Orbitrap 技術

Orbitrap 技術發展至今,憑借其zhuo越的分辨率、靈敏度、多項創新技術等“硬實力”,圈“粉”無數,平均每小時就有一篇文章問世,也逐漸成為quan球科學家實現世界ding級科研突破的有力伙伴。

今天就讓我們來一探quan球ding尖 PI 近發表的文章和技術成果,看看 Orbitrap 技術如何助力ding級研究實現突破。

 

Matthias Mann

助力跨物種蛋白質組學研究實現突破

 

前沿概覽

蛋白質承載著絕大多數的生命功能,但由于技術局限,蛋白質組學的大規模研究不及基因組研究深入。盡管基于質譜的蛋白質組學的不斷進步使得人類蛋白質組的鑒定和定量化越來越廣泛,然而與基因組不同的是,蛋白組對于跨物種間研究卻鮮有報道,德國馬普所的Matthias Mann 團隊分析了100個物種,并將經過實驗驗證的蛋白質數量增加了一倍,為跨物種蛋白質組學研究奠定了寶貴的數據基礎。

亮點介紹:

作者為了收集生命樹中具有代表性的多種生物,考慮了組裝基因組序列的可用性和培養或組織材料的可及性以及常見的模式生物,終選擇了19種古菌,49種細菌,32種真核生物,共100種不同的物種,此外,還添加了14種病毒。利用In-StageTip(iST)蛋白提取流程,并使用均勻有序、靜態固定的微米級柱結構取代C18覆蓋的磁珠,提高了實驗的重現性。

研究者通過這一標準化方式聯合Q Exactive HF-X高分辨質譜儀,在100種生物中鑒定出349,164種可以通過其被鑒定到的肽區分開的蛋白質。這些蛋白質組涵蓋了1,136,558個條目,數據大大增加了經過實驗驗證的蛋白質的數量,不僅如此,還發現了許多以前未知的蛋白質。

 

Matthias Mann & Florian H. Heidel

助力探尋腫瘤持久性機制,篩選關鍵藥物靶點

前沿概覽

Janus激酶(JAKs)介導對造血細胞中細胞因子,激素和生長因子的反應。JAK2對造血細胞的發育至關重要,其突變是衰老過程中非常常見的現象,并導致人體容易患上諸如骨髓增生性腫瘤(MPN)等癌癥。盡管用JAK抑制劑的治療方法降低了MPN的炎性活性和其過度增殖,但JAK2突變仍然存在,削弱了該方法的臨床實用性。

Mann團隊通過深入的磷酸化蛋白質組分析,結合RNAi篩選,發現JAK2翻譯后修飾的下游靶點,進而對疾病持久性的機制進行了深入研究,機制研究發現YBX1受JAK2的磷酸化調控。基于高分辨質譜的磷酸化蛋白質組學聯合代謝通路分析,為改善JAK2突變腫瘤治療效果提供后續用藥指導。

 

Matthias Mann & Jonathan S Weissman

助力功能性微蛋白/微肽研究

 

前沿概覽

美國加州大學舊金山分校Weissman團隊和Matthias Mann團隊聯合MS質譜、Ribosome profiling、CRISPR等多種技術深入研究上游開放閱讀框ORF中編碼的一系列功能重要的人類微蛋白microproteins (亦稱為微肽micropeptides),并探究了它們在細胞中起到的至關重要的作用,這一開創性成果發表在Science上。

 

在文中研究者利用誘導多能干細胞iPSCs和人類白細胞抗原I類(HLA-I)肽組學中基于質譜MS的蛋白質組學證實了數百個非經典編碼序列(CDS)肽的穩定表達。HLA-I肽組學鑒定出了240個微肽,表明這些肽進入了HLA-I途徑,可能參與了抗原庫和可能的免疫原性。總之,研究者表述了一種結合核糖體印跡測序、基于質譜的蛋白質組學和基于CRISPR的遺傳學篩查的策略,突顯了功能性哺乳動物蛋白質組以前未知的復雜性,以及HLA系統呈遞的抗原的全譜圖。

 

Orbitrap Exploris家族

 

Orbitrap傳承創新的全新代表:Orbitrap Exploris家族,現已有5位成員,滿足科學研究的多樣化需要。繁忙基金季,不要忘記將Orbitrap Exploris納入您的研究方案,助力您取得別樣的科研成就!

 

Orbitrap Exploris™ 120

革新生產力

2020 年 5 月

 

Orbitrap Exploris™ 240

先的分析性能

2020 年 5 月

 

Orbitrap Exploris™ 480

非凡至簡

2019 年 5 月

 

Orbitrap Exploris™ GC

提升分析效率

2021 年 3 月

 

Orbitrap Exploris™ GC 240

yin領研究發現

2021 年 3 月

 

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