正確使用和維護色譜柱重要，使用不當就會降柱效、縮短使用壽命以至損壞。
1.色譜柱的流向不能改變
色譜柱前后端的填料及填裝工藝都是一樣的，標示方向的目的就是讓我們在使用中記住流動相從哪個方向流入色譜柱，那么這個流入段就是先污染端。這樣就為我們日后維護或再生色譜柱做了準備，而我們需要遵循這個規定應該在色譜柱開始做樣后。
2.色譜柱的說明書定要看清楚
色譜柱內保存著什么溶劑定要看清楚，因此色譜柱的說明書定要看清楚，當然也包括說明書上建議的維護保養規定，對我們有用。
對于反相柱來說，溶劑基本就是乙腈或甲醇。但正相柱就不同了，因為正相柱除了可以適用正相系統，也可以適用反相系統，因此定要看清楚，對于你的方法來說是否需要置換色譜柱內保存溶劑。
一般色譜柱不能反沖，只有色譜柱使用說明書上標明該柱可反沖才可以反沖除去留在柱頭上的雜質。否則，反沖色譜柱的影響是迅降柱效。
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