一. 樣品的RNA抽提(Trizol,Invitrogen)
1、樣本處理
1)培養細胞:收獲細胞 1-5×10 7 ,移入 1.5ml 離心管中,加入 1ml Trizol ,混勻,室溫靜置 5min。
2)組織:每50 - 100mg組織樣品,用液氮研磨成粉末,加入1 ml的TRIZOL試劑,混勻,室溫靜置 5min。
2、兩相分離
每1 ml的TRIZOL試劑勻漿的樣品中加入0.2 ml的氯仿,蓋緊管蓋,劇烈振蕩管體,室溫靜置 5min。4°C下12,000 ×g離心15分鐘。離心后混合液體將分為下層的紅色酚氯仿相,中間層核上層的無色的水相。RNA全部被分配于水相中。水相的體積大約使勻漿時加入的TRIZOL試劑的60%。
3、RNA沉淀
將水相轉移到新離心管中。水相與異丙醇混合以沉淀其中的RNA,加入異丙醇的量為每個樣品勻漿時加入1 ml TRIZOL試劑的此時加0.5 ml的異丙醇。混勻后15到30°C孵育10分鐘后,于4°C 12,000 ×g離心10分鐘。此時離心前不可見的RNA沉淀將在管底部和側壁上形成膠狀沉淀塊。
4、RNA清洗
移去上清液,每1 ml TRIZOL試劑勻漿的樣品中加入至少1 ml的75%乙醇,清洗RNA沉淀。振蕩后,4°C 7,500 ×g離心5分鐘。
5、重新溶解RNA沉淀
去除乙醇溶液,空氣中干燥RNA沉淀5 - 10分鐘,切勿真空離心干燥。注意RNA沉淀不要*干燥,否則將大大降低RNA的可溶性。部分溶解的RNA樣品A260 / 280比值將小于1.6。溶解RNA時,先加入無RNA酶的水用槍反復吹打幾次,然后55到60°C孵育10分鐘。獲得的RNA溶液保存于- 70°C。
二. RNA濃度與純度測定
取1μlRNA樣品稀釋100倍后測定RNA濃度及OD260、OD280。純的RNAOD260/280在1.8~2.0之間。樣品RNA濃度計算公式為:A260 X 稀釋倍數×40 ng/ul。
三. RT(PrimeScript® RT reagent Kit Perfect Real Time,Takara)
1、按下列組份配制RT反應液
5×PrimeScript Buffer | 2 μl |
PrimeScript® RT Enzyme Mix I | 0.5μl |
Oligo dT Primer(50 μM)*1 | 0.5μl |
Random 6 mers(100 μM)*1 | 0.5μl |
Total RNA | 0.5ng |
RNase Free dH2O | Up to 10μl |
2、反轉錄反應條件如下: 37℃ 15 min,85℃ 5 sec。
3、反應結束后,將其放在冰上待用或-20℃保存。
四. qPCR(SYBR Premix Ex Taq,Takara)
1、按下列組份分別配制Realtime PCR反應體系。
SYBR Premix Ex Taq | 12.5 μl |
PCR Forward Primer(10 μM) | 0.5 μl |
PCR Reverse Primer(10 μM | 0.5 μl |
DNA模板 | 1.0 μl |
dH2O(滅菌蒸餾水 | 10.5 μl |
Total | 25μl |
輕彈管底將溶液混合,5000 rpm短暫離心。
2、步驟1配置的PCR反應溶液置于Realtime PCR儀上進行PCR反應。
95℃,5min;40個PCR循環(95℃,10秒;60℃,20秒;72℃,20秒;79℃,20秒(收集熒光))。
為了建立PCR產物的熔解曲線,擴增反應結束后,(95℃,2min;60℃,20秒;72℃,20秒;99℃,15秒,并從72℃緩慢加熱到99℃(8分鐘)。
3、結果與計算
各樣品的目的mRNA和內參(GAPDH)分別進行Realtime PCR反應。數據采用2 - △△ CT法進行分析
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