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離子交換色譜是蛋白純化技術中常用的一種純化方法，其原理是指被分離物質所帶的電荷可與離子交換劑所帶的相反電荷結合，這種帶電分子與固定相之間的結合作用是可逆的，在改變pH或者用逐漸增加離子強度的緩沖液洗脫時，離子交換劑上結合的物質可與洗脫液中的離子發生交換而被洗脫到溶液中。由于不同物質的電荷不同，其與離子交換劑的結合能力也不同，所以被洗脫到溶液中的順序也不同，從而被分離出來。
陰離子交換色譜柱的保存色譜柱填充料的不同，其保存方法也各異。一般而言，大多數陰離子分離柱在堿性條件下保存，陽離子分離柱在酸性條件下保存。需長時間保存時（30天以上），先按要求向柱內泵入保存液，然后將柱子從儀器上取下，用無孔接頭將柱子兩端堵死后放在低溫處保存。短時間不用，每周應至少開機一次，讓儀器運行1—2h。
陰離子交換色譜柱的清洗清洗色譜柱注意事項：清洗前，應將分離柱與系統分離，讓廢液直接排出。另外，每次清洗后應用去離子水沖洗10min以上，再用淋洗液平衡系統。清洗時的流速不宜過快，在1ml/min以下。
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