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在離子色譜儀的結構中有一個部分容易被忽略，那就是抑制器，它的存在會給實驗帶來不同的結果。由于它是檢測分析儀器的一種，人們想要通過實驗對樣品中各組份進行定量或者定性，如果結果出現偏差，那實驗就是失敗的。它不同于全自動固相萃取儀這類的儀器，它是用來處理樣品的，只要保證樣品的處理過程中不會出現損失即可，而這種儀器就沒必要安裝抑制器。
抑制器是離子色譜儀的核心部件，它一般都采用膜結構和柱結構。膜結構的一般由PEEK等塑料部件、樹脂填料、樹脂膜組成，也有的會用到些純鈦等部件。柱結構，柱管及接頭等大多都是PEEK等耐腐蝕材料，填料大多都是抑制樹脂或抑制膠等。
一、纖維抑制器
這種抑制系統采用陽離子交換的中空纖維作為抑制器，外通硫酸作為再生液，可連續對淋洗液進行再生，這種抑制器的死體積比較大，抑制容量也不高。
二、微膜抑制器
這種抑制系統采用陽離子交換平板薄膜，中間通過淋洗液，而外兩側通硫酸再生液。這種抑制器的交換容量比較高，死體積很小，可進行梯度淋洗。
三、樹脂填充抑制柱
該抑制系統采用高交換容量的陽離子樹脂填充柱(陰離子抑制)，通過硫酸，將樹脂轉化為氫型。它抑制容量不高，需要定期再生，而且死體積比較大，對弱酸根離子由于離子排斥的作用，往往無法準確定量。這類抑制器目前已經基本不用，但美國Alttech公司將這類抑制器加以改進，使填充柱需要再生時會變色，并采用電化學法再生，大大改進了傳統的方法，提高了抑制器的性能。
四、電解抑制器
這種抑制系統采用陽離子交換平板薄膜，通過電解產生的H+，對淋洗液進行再生。采用填充柱抑制器，通過合適的電解進行再生，同樣具有方便、高效的功能；在化學抑制和電化學再生的基礎上，再進行了二氧化碳的排除，可以有效降低背景電導值以實現不同碳酸鹽的梯度淋洗。
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