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色譜柱在使用前，最好進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行，只有這樣，測得的結果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。
樣品的前處理過程：
(1) 最好使用流動相溶解樣品。
(2) 使用預處理柱除去樣品中的強極性或與柱填料產生不可逆吸附的雜質。
(3) 使用0.45μm或0.22μm的過濾膜過濾除去微粒雜質。
實際使用中，液相色譜柱有可能會失效，常見的原因有：
1、色譜柱裝填不良
裝填不良的色譜柱，在短時間應用后，填充床的壓縮通常使柱頭處產生塌陷，導致柱效突然降低。液相色譜儀色譜柱的初始評價指標，如塔板數、不對稱因子等往往不能很好地表征色譜柱床層的穩定性，這種情緒只能在實際應用中發現。
2、壓力因素
液相色譜儀色譜柱使用過程中的驟然壓力波動、機械撞擊或溫度驟然變化都會對色譜柱床層產生影響，導致峰形變差和柱效降低。進樣過程中，進樣閥轉動太慢可引起壓力波動，使色譜柱床產生裂隙，在柱切換時也存在同樣的問題。使用填充良好的色譜柱，在較低柱壓下操作，可大大減少由壓力波動造成的色譜柱損壞。
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