1. 根據儀器型號大小不同劃分

1) 自動液體工作站

自動液體工作站是功能非常強大的設備，液體分液、吸液等自動完成，甚至能通過整合擴增、檢測等功能，實現標本提取、擴增、檢測全自動化。提取核酸只是其功能的一個應用，不太適合常規實驗室提取核酸，一般都應用在單一類標本并且一次提取標本量非常大(至少96個，一般幾百個)的實驗需求上。自動工作站的平臺建立及平臺的運作，需要比較大的資金。

2) 小型自動核酸提取儀

小型的自動化儀器是通過運行結構的特殊性來達到自動提取核酸的目的，可以在任何實驗室得到應用。

2. 根據提取原理不同劃分

1) 采用離心柱法的儀器

離心柱法核酸提取儀主要采用離心機和自動移液裝置相結合的方法，通量一般在1-12個樣本，操作時間和手工提取差不多，并不能提高實際工作效率，且價格昂貴，不同型號儀器的耗材也不能通用，僅適合經費充足的大型實驗室使用。

2) 采用磁珠法的儀器

以磁珠為載體，利用磁珠在高鹽低PH值下吸附核酸，在低鹽高PH值下與核酸分離的原理，再通過移動磁珠或轉移液體來實現核酸的整個提取純化過程。由于其原理的*性，所以可設計成很多種通量，既可以單管提取，也可以提取8-96個樣本，且其操作簡單快捷，提取96個樣本僅需30-45min，大大提高了實驗效率，且成本低廉，因而可以在不同實驗室使用，是目前市場上的主流儀器。