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1、使用凍存管儲存樣本時，嚴格要求應把凍存管放入液氮的氣相層或冰箱中保存！如果凍存管儲存于液氮液體中，液氮有一定幾率會滲入凍存管內部，復蘇時液氮氣化導致管內外壓力不平衡，這樣極易造成凍存管的炸裂，并具有生物危害性。
2、操作凍存管復蘇，全程使用安全防護設備，建議穿實驗服、戴棉質手套且在安全的實驗臺上進行操作。條件允許情況下，請佩戴護目鏡或防護面罩。由于夏季室內溫度會高于冬季，請格外小心。
3、凍存細胞儲存過程中，凍存管的冷凍溫度須均勻。不均勻的受凍將會導致冰塞的產生，冰塞會抑制兩側的液體溫度傳遞進而產生危險的高壓力并導致凍存管受損。
4、凍存的樣本量不要超過凍存管要求的較大工作體積。
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