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高純硅膠色譜柱是在新型的更高惰性硅膠基質上鍵合通用性的十八烷基官的色譜柱，由于其高惰性，大幅度提高了分析的精度和重現性。它可以用于分離離子化的化合物而不易引起吸附，因此能夠得到非常尖銳的峰形和優異的重現性。
高純硅膠色譜柱的基本原理是樣品在兩相之間的分配，即在固相（吸附劑）和液相（溶劑）之間的分配。保留或洗脫的機制取決于被分析物與吸附劑表面的活性基團，以及被分析物與液相之間的分子作用力。其洗脫模式有兩種：一種是目標化合物比干擾物與吸附劑之間的親和力更強，因而被保留，洗脫時采用對目標化合物親和力更強的溶劑；另一種是干擾物比目標化合物與吸附劑之間的親和力更強，則目標化合物被直接的洗脫。通常采用前一種洗脫方式。
要有效地利用離子交換機理將目標化合物吸附在高純硅膠色譜柱上，必須滿足以下條件：
1、目標化合物離子與吸附劑官能團的離子態帶相反電荷；
2、萃取環境的pH必須同時使目標化合物和吸附劑上的官能團帶電荷；
3、萃取環境不能含有高濃度的帶有和目標化合物相同電荷的競爭化合物。
在實際操作中，為了滿足前兩個條件，確保目標化合物及吸附劑上的官能團能夠呈離子態或呈中性狀態，應該根據目標化合物及吸附劑官能團的pKa來調節樣品或色譜柱的pH。在pH2~12范圍內呈現出較高的化學穩定性，使其可以在堿性條件下被使用。較寬的pH范圍還可以使用多堿性化合物在非帶電形式下得到分析，減少了二次相互作用發生進而改善分析峰形。由于二次相互作用的降低，大大改善了對肽和蛋白質的回收。
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