干細胞實驗室設計要滿足組織工程化、組織制備，臨床應用生物安全性，技術穩定性、質量可控性；還有組織工程化組織特定的工藝流程、技術特點，干細胞實驗室還要滿足無菌操作要求，避免污染。也會根據組織工程化組織特定的生產工藝流程和技術熱點。干細胞實驗室區域劃分為潔凈區、非潔凈區。潔凈區包含處理室、分離室、培養室、組織構建室、質量控制室、消毒室、處理室等；非潔凈區包括組織學檢測室、分子生物學檢測室、 監控中心、檔案室、資料室、儲存室等。

干細胞制備實驗室總平面布局應符合GB19489、GB50333、GB50346、GB50457的要求應有利于環保凈化、避免交叉污染等要求。建筑平面和間布局應具有適當的靈活性。主體結構的耐久性應與室內裝備、裝修水平相協調。清潔物與污物的放置應嚴格分隔。潔凈區內物品傳遞距離應盡可能短捷，清潔物與污物傳遞通道嚴格分開。