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實時熒光定量PCR儀的基本原理是利用DNA聚合酶在PCR過程中合成新DNA鏈的特性，結合一種熒光標記的探針或染料，通過實時監測熒光信號的增加來測量PCR反應的進行程度。在PCR反應體系中加入熒光基因，利用熒光信號累積實時監測整個PCR進程。隨著反應時間的進行，監測到的熒光信號的變化可以繪制成一條曲線。
由于在PCR擴增的指數時期，模板的Ct值(即樣品到達域值水平所經歷的循環數)和該模板的起始拷貝數存在線性關系，所以可以作為定量的依據。域值應設定在使指數期的擴增效率為最大，這樣可以獲得最準確、可重復性的數據。如果同時擴增的還有標有相應濃度的標準品，線性回歸分析將產生一條標準曲線，可以用來計算未知樣品的濃度。
使用實時熒光定量PCR儀的一般操作流程包括：
設計引物和探針：根據實驗目的，選擇合適的基因序列，設計特異性引物和熒光探針。
準備樣本：提取待檢測的核酸樣本，如DNA或RNA，并確保樣本的質量和純度。
準備反應體系：將所需的試劑和樣本加入PCR反應管中，組成反應體系。包括引物、探針、酶、緩沖液、dNTPs和核酸模板等。
設置儀器參數：打開儀器，選擇合適的PCR程序，并根據實驗要求設置溫度、時間、循環次數等參數。同時，設置熒光檢測通道和參數。
放置樣本：將準備好的PCR反應管放入儀器的樣品槽中，確保放置正確且穩固。
啟動程序：確認設置無誤后，啟動PCR程序。儀器將按照設定參數進行溫度循環和熒光檢測。
實時監測與分析：通過儀器顯示屏實時監測熒光信號變化，觀察擴增曲線形狀和趨勢。實驗結束后，儀器自動生成結果，包括擴增曲線、Ct值等。使用軟件對結果進行分析和處理。
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