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實時熒光定量PCR(qPCR)是在普通PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程。在PCR反應早期，產生熒光的水平不能與背景明顯地區別，而后熒光的產生進入指數期、線性期和平臺期，可以在PCR反應處于指數期的某一點上來檢測PCR產物的量，并且由此推斷模板的含量，實時熒光定量PCR儀主要由熒光定量系統和計算機組成。熒光定量系統負責監測循環過程中的熒光信號，而與之相連的計算機則收集這些熒光數據。通過專門的實時分析軟件，數據可以以圖表的形式顯示出來，便于研究人員進行分析。
實時熒光定量PCR儀以其高靈敏度、高特異性、高準確性和高速度的特點，被廣泛應用于各種生命科學研究領域和臨床診斷中。
基因表達分析：可以用來分析基因的表達水平，包括mRNA轉錄量的定量、差異表達基因的篩選以及研究基因調控機制等。這為基因功能研究提供了重要數據支持。
病原微生物檢測：在病原微生物檢測中具有高度靈敏度和特異性，可以快速、準確地檢測微生物的存在和數量。這使其成為疾病診斷、傳染病監測以及食品安全檢測等領域的重要工具。
基因突變檢測：可以檢測DNA序列的變異和突變，包括單核苷酸多態性(SNP)、插入缺失(InDel)等。這些檢測對于疾病遺傳學研究、個體基因分型以及法醫學鑒定等領域具有重要意義。
DNA定量分析：還可用于定量分析DNA樣本的濃度和純度，常用于核酸提取、質量控制以及實驗前的標準化處理等。
病毒載量檢測：實時熒光定量PCR也被廣泛應用于檢測病毒感染樣本中病毒的載量，如HIV、HPV、流感病毒等。這有助于醫學研究人員了解病毒感染的程度和傳播動態。
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