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1. 超凈工作臺一般宜安裝在沒有陽光照射、清潔無塵的房間內，若能放在無菌操作區內則更好。
2. 使用前，擦凈超凈區內各部位塵埃（燈管，燈架，臺面等），開啟超凈臺內紫外燈照射10~30分鐘，然后使用超凈臺預工作10~15分鐘，以除去臭氧和使工作臺面空間凈化。
3. 上下提拉有機玻璃罩時，一定要緩慢操作。
4. 超凈工作臺的平均風速保持在0.32~0.48m/s為宜。
5. 超凈工作臺內不應旋轉其他與操作無關的物品。盡可能減少其他人員在柜前的活動，以防影響層流的風速和平衡。
6. 超凈工作臺不能進行致病菌和可能對人體造成危害的微生物制劑的操作。操作者必須牢記氣流走向，以防不安全因素。
7. 使用完畢后，要用70%酒精將工作臺面和臺內四周擦拭干凈，以保證超凈臺無菌。切記不要使用任何氯化物或鹵素材料。還要定期用福爾馬林熏蒸超凈臺。
8. 如果遇到機組發生故障，應由專業人員檢修。
9. 不用時，用防塵布套好。
10. 定期拆洗過濾器中的濾料。時間間隔一般為90天到180天。
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